線路歷史
上世紀90年代，96路開通投入運營（吉家家世界站←→胡里山站）。
2007年03月04日起，因金尚路、金山西路路口取消禁左。96路公交線路恢復、調整線路走向。
2007年05月26日起，枋湖東路原“穆厝吉家家世界站”更名為“穆厝東站”。同時，台灣街原“開明電影城站”更名為“天地花園站”；台灣街原“江頭天地美食城站”更名為“江頭市場站”；呂嶺路原“線務局曙光門診站”更名為“ 線務局站”；蓮前西路原“移動公司站”更名為“臥龍西路口站”；蓮前西路原“蓮前水務集團站”更名為“蓮前站”；廈禾路原“蓮坂站”更名為“蓮坂國貿站”；廈禾路原“假日商城站”更名為“雙涵路口站”；廈禾路原“金榜公園美新站”更名為“金榜公園站”；廈禾路原“釀酒廠站”更名為“後江埭站”；思明南路原“博物館希爾福站”更名為“博物館站”。
2010年10月15日至12月07日，環島幹道（文曾路—廈大段）白城高架橋進行封閉施工，廈門公交集團思明公司96路公交線路：由環島路行駛進入大學路方向需改道繞行演武大橋，大學路往環島路方向運行線路不變。單向減停站點：廈大醫院站。
2010年10月25日起執行，梧村汽車站（站前停靠站）實行分站停靠措施：96路島內線路停靠外側站點（靠廈禾路）。
2010年11月19日起，因思明南路（壽山路—成功大道）路面工程改造施工，施工期間思明南路該路段改為單向通行，96路公交線路需改道繞行，具體如下：
第一階段：2010年11月23日至12月21日，東側施工道路封閉。
調整方案：線路由廈大往鎮海路方向行至思明南路成功大道路口，改為左轉成功大道，經民族路、鎮海路接原線路運行。返程運行不變。單向減停：大生里站；單向增停：婦幼保健院站和外貿宿舍站。
第二階段：2010年12月22日至2011年01月20日，西側施工道路封閉。
調整方案：線路由鎮海路往廈大方向行至思明南路壽山路口，改為右轉壽山路，經民族路、成功大道、思明南路接原線路運行。返程運行不變。單向減停：大生里、博物館站；單向增停：外貿宿舍站。
2011年02月28日至03月30日因環島幹道（文曾路—廈大段）白城橋鋼箱梁吊裝施工期間，為確保全全，大學路（環島路往演武路方向）實施單向封閉。涉及的96路公交線路調整方案：由環島路往演武路方向繞行演武大橋，減停廈大醫院站。演武路往大學路方向不變。
2011年05月04日，因思明南路（成功大道—演武路）路面工程改造施工，施工期間思明南路該路段改為單向通行，第一階段封東側開始施工道路封閉。96路線路由胡里山往廈大方向行至大學路演武路口，改經民族路、成功大道、思明南路接原線路運行，減停：廈大西村、博物館站，增停：中華兒女美術館和冷凍廠站。返程運行不變。
思明南路（成功大道—演武路）路面工程改造施工，第一階段封閉施工至2011年06月05日結束，為保障高考考生的交通出行，6日至8日思明南路恢復雙向通行，9日起實施第二階段封閉施工：
第二階段：2011年06月09日至07月08日，西側施工道路封閉。
96路線路往胡里山方向行至思明南路成功大道路口，改經成功大道、民族路、大學路接原線路運行，增停：冷凍廠和中華兒女美術館站，減停：理工學院和廈大西村站。返程運行不變。
廈門96路2013年03月05日起，呂嶺路原“蓮花三村站”更名為“報業大廈站”。
2013年08月19日起，為消除胡里山車場人車混行的安全隱患，該站點實行人車分流， 96路往胡里山方向，終點站調整至廈大白城站。原在胡里山車站內上車的乘客，請改到車站對面的公交站點“胡里山站”上車。
2013年08月29日起，環島路（方位：南）原“胡里山站”更名為“胡里山公交場站”（吉家家世界站←→胡里山公交場站）。
2014年06月22日至2015年01月15日（交通管制時間），因仙岳路與成功大道立交改造工程施工圍擋，中醫院站（翔安進島方向）往前遷移約50米，中醫院分院站（翔安進島方向）臨時調整，在仙岳路（往前過禾山路口處）和台灣街上分設2個臨時公交站點，96路路經停中醫院分院的線路調整停靠：圍擋期間開放仙岳路由東向南左轉台灣街的信號燈，往台灣街方向的96路公交線路改停台灣街的臨時公交站點 （站名：中醫院分院（台灣街）站）。
2014年06月25日起，因仙岳路立交改造工程需要，出島方向中醫院站臨時取消，途經96路公交線路往翔安隧道方向，均停靠太薇花園站，單向減停中醫院站。
2015年02月14日起，取消梧村街道辦一側的廈禾路“雙涵路口站”。
2015年04月19日起，呂嶺路寶龍天橋到金尚路一段，將進行污水排放管道工程施工。受施工影響，報業大廈站、江頭市場站、公路征費中心站將取消停靠或設定臨時停靠點。報業大廈站（往呂厝方向）將在原報業大廈站點往呂厝方向過了台灣街路口處，增設一處臨時停靠站。江頭市場站（往仙岳路方向），將臨時取消公車輛停靠。公路征費中心站（往呂厝方向），將往東（蔡塘方向）移100米，設臨時停靠站點。
2015年06月13日起，96路線路恢復停靠往翔安隧道方向的“中醫院站”。
2015年10月01日起，啟用胡里山公交場站門口的紅綠燈，胡里山公交場站內始發的96路公交線路，車場發車後直接在路口左轉，不再繞行龍虎山掉頭區。96路公交線路胡里山公交場站始發方向減停：名仕站、廈大藝術學院站、胡里山站等站點。
2016年02月05日起，呂嶺路污水管道改造已竣工，途經線路恢復停靠受施工影響的“報業大廈站”和“江頭市場站”公交站點，恢復停靠原有呂嶺路北側（往呂厝方向）的“報業大廈站”。呂嶺路右轉台灣街的96路公交線路停靠原站點。同時，恢復停靠台灣街東側（往仙岳路方向）的“江頭市場站” 。
2016年04月16日起，為方便市民及遊客的出行，思明南路的“博物館站”更名為“華僑博物院站”。同時，思明南路的“理工學院站（思明）”更名為“理工學院思明校區站”；思明南路的“鎮海路站”更名為“鎮海路口站”；鎮海路的“雙十中學站”更名為“雙十中學鎮海校區站”。
2016年09月03日起，金山西路的“金山西里站”更名為“宏山新村站”。
2016年10月01日起，根據廈門交警部門發布的《胡里山片區交通組織方案》要求，胡里山公交場站始發的96路公交線路臨時單向繞行。線路由胡里山公交場站始發， 經環島南路、曾厝垵西路、曾厝垵北路、龍虎山路、環島南路、大學路接原線路運行；返程線路走向不變。停靠站點不變。
2017年05月20日起，為消除在“中醫院分院站” 臨時站點無站台區域候車的安全隱患，調整96路公交線路 往呂厝方向 單向 減停台灣街的“中醫院分院站”， 減停該站客流可 由與該站相距120米的“天地花園站”分流。
運行路段
96路（吉家家世界站←→胡里山公交場站）
線路走向：
上行：吉家家世界站始發，經金湖路、枋湖東路、金山西路、金尚路、仙岳路、台灣街、呂嶺路、金尚路、蓮前西路、廈禾路、公園東路、同安路、鎮海路、思明南路、演武路、大學路至胡里山公交場站。
下行：胡里山公交場站始發，經大學路、環島南路、大學路、演武路、演武西路、思明南路、鎮海路、同安路、公園東路、廈禾路、蓮前西路、金尚路、金盛路、金泰路、呂嶺路、台灣街、仙岳路、金尚路、金山西路、枋湖東路、金湖路至吉家家世界站。
沿途站點
96路 島內線路 吉家家世界站[首班06:20末班22:00]←→胡里山公交場站[首班06:20末班22:10]
跨段站點：吉家家世界—胡里山公交場站
票價：上車1元，全程1元，E通卡8折優惠。
備註： 上行由胡里山公交場站始發 改為廈大白城站始發，請乘客 前往廈大白城站（天橋下方廈大校門一側）乘坐。
上行
吉家家世界站→枋湖東路穆厝站→第二福利院站→國際山莊站→宏山新村站→太薇山莊站→太薇花園站→中醫院站→天地花園站→江頭市場站→報業大廈站→泰和花園站→公路征費中心站→線務局站→北大生物園站→禹州花園站→西林站→臥龍曉城站→臥龍西路口站→龍山橋站→蓮前站→蓮坂國貿站→雙涵路口站→梧村車站→金榜公園站→文灶站→後江埭站→公園東門站→公園東路站→實驗國小站→第一醫院站→雙十中學鎮海校區站→鎮海路口站→大生里站→華僑博物院站→理工學院思明校區站→廈大西村站→廈大醫院站→廈大白城站→胡里山公交場站
下行
胡里山公交場站→廈大白城站→廈大醫院站→廈大西村站→華僑博物院站→大生里站→第一醫院站→實驗國小站→公園東路站→公園東門站→二市站→後江埭站→文灶站→金榜公園站→火車站→蓮坂國貿站→蓮前站→龍山橋站→臥龍西路口站→臥龍曉城站→西林站→禹洲花園站→北大生物園站→金盛路站→忠侖站→公路征費中心站→泰和花園站→報業大廈站→江頭市場站→天地花園站→中醫院分院站→中醫院站→太薇花園站→祥店站→宏山新村站→國際山莊站→第二福利院站→枋湖東路穆厝站→吉家家世界站
