線路歷史
上世紀90年代，39路開通投入運營（火車站←→前埔站）。
1998年08月01日，為方便市民出行和資源整合，一分公司30路（輪渡站←→前埔站）合併小公共汽車39路（火車站←→前埔站），並調整線路走向，重新繞行火車站，由每天139班次增加至157.5班次，其他不變；
上世紀90年代末，39路新開通投入運營（芙蓉苑站←→軟體園站）。
1、沿途站點：上行:芙蓉苑-嘉園路-天安工業-華光-萬景-康樂-禹洲新村-南山汽車城-烏石浦油畫村-叉車廠-禾興-薛嶺-開明電影城-江頭天地美食城-蓮花三村-泰和花園-公路征費中心-線務局曙光門診-忠侖-蔡塘國小-蔡塘村口-蔡塘加氣站-蔡塘-赤坡山-明發園-三安電子 -軟體園。下行:軟體園- 三安電子 -明發園 - 赤坡山 - 蔡塘- 蔡塘加氣站 - 蔡塘村口 - 蔡塘國小 - 忠侖 - 公路征費中心 - 泰和花園 - 蓮花三村- 江頭天地美食城 - 開明電影城 - 薜嶺 - 禾興 - 叉車廠 - 烏石浦油畫村 - 南山汽車城 - 禹洲新村 - 康樂 - 萬景 - 華光 - 天安工業 - 嘉園路 - 芙蓉苑。
2、首末班時間：芙蓉苑首班06:40末班22:00，軟體園生產基首班06:26末班22:10。
2007年05月26日起，南山路原“南山汽車城站”更名為“嘉禾路口站”。同時，台灣街原“開明電影城站”更名為“天地花園站”；台灣街原“江頭天地美食城站”更名為“江頭市場站”；呂嶺路原“線務局曙光門診站”更名為“ 線務局站”。
2008年02月25日起，廈門公交集團將調整39路公交線路，以做好軟體園的公交配套工作。39路將增停叉車廠、烏石浦油畫村、嘉禾路口等站點，減停園山車站。
1、線路走向：上行:由軟體園始發，行至禾山路和園山南路交叉口，左轉園山南路、南山路、仙洞路、興隆路、華光路、嘉園路至芙蓉苑。下行:由芙蓉苑始發，經嘉園路、華光路、興隆路、仙洞路、南山路、園山南路、禾山路接原線至軟體園。
2、增減停站點：增停:叉車廠、烏石浦油畫村、嘉禾路口、禹洲新村、康樂、萬景、華光、天安工業、嘉園路和芙蓉苑站；減停:園山車站。
2010年12月01日起，禾山路原“禾興站”更名為“湖裡婦幼站”。
2011年11月25日起， 原芙蓉苑首末站因站點問題無法停靠。39路線路調整方案如下：終點站改為嘉園路站（軟體園生產基地站←→嘉園路站）；減停：芙蓉苑站。
1、沿途站點：上行:軟體園生產基地→軟體園東二門→澳網城→三安電子→明發園→赤坡山→蔡塘→蔡塘加氣站→蔡塘村口→蔡塘國小→忠侖→公路征費中心→泰和花園→蓮花三村→江頭市場→天地花園→薛嶺→湖裡婦幼→叉車廠→烏石浦油畫村→嘉禾路口→禹洲新村→萬景→華光→天安工業→嘉園路。下行:嘉園路→天安工業→華光→萬景→康樂→禹洲新村→嘉禾路口→烏石浦油畫村→叉車廠→湖裡婦幼→薛嶺→天地花園→江頭市場→蓮花三村→泰和花園→公路征費中心→線務局→忠侖→蔡塘國小→蔡塘村口→蔡塘加氣站→蔡塘→赤坡山→明發園→軟體園生產基地。
2、首末班時間：軟體園首班06:26末班22:00，嘉園路首班06:25末班21:50。
2012年03月23日至2013年06月30日，因蓮岳隧道一期工程施工需要，仙洞路雙向封閉禁止車輛通行，調整39路運行方案。往嘉園路方向行至南山路仙洞路口，改為直行南山路，經華榮路、宜賓路、華光路接原線路運行，往返一致。增停：康樂（單向，往嘉園路方向）、南山療養院和水上樂園站。
2012年06月20日起，因“蔡塘加氣站”公交站點距離路口太近，存在安全隱患，該站點雙向取消。同時，因市政道路建設需要，“軟體園東門站”將取消。
2012年09月30日至10月07日，為配合市政重點工程“110KV湖邊—嶺兜輸電線路工程”破路施工需要，軟體園東門、東二門進行道路施工，施工期間禁止車輛通行，39路公交線路臨時調整走向：軟體園始發方向，改經南門運行，不繞行東二門。單向減停：軟體園東二門和奧網城西站。
2013年01月15日起，呂嶺路原“蔡塘站”更名為“古地石社站”。
2013年03月05日起，呂嶺路原“蓮花三村站”更名為“報業大廈站”。
2013年11月04日起，禾山路原“湖裡婦幼站”更名為“禾山路站”。
2014年02月27日起, 因蓮岳隧道施工圍擋，原南山療養院站（雙向）均往嘉禾路方向遷移，途經的39路公交線路停靠在新站點。
2014年03月17日起，呂嶺路（方位：北）原“奧網城西站”更名為“香山海景苑站”。
2014年05月31日起，雙向增停宜賓路上的市兒童醫院站。
2014年08月31日起，為配合蔡塘學校搬遷及蔡塘廣場開業，呂嶺路原“蔡塘國小站”更名為“蔡塘廣場站”。同時，呂嶺路原“蔡塘村口站”將更名為“蔡塘學校站”。
廈門39路2015年04月19日起，呂嶺路寶龍天橋到金尚路一段，將進行污水排放管道工程施工。受施工影響，報業大廈站、江頭市場站、公路征費中心站將取消停靠或設定臨時停靠點。江頭市場站（往仙岳路方向），將臨時取消公車輛停靠。公路征費中心站（往呂厝方向），將往東（蔡塘方向）移100米，設臨時停靠站點。
2015年04月20日起，因蓮岳隧道仙洞路段工程竣工，仙洞路恢復雙向通行，39路恢復原線路運營：線路走向：往嘉園路方向行至南山路仙洞路口，恢復經仙洞路、興隆路接原線路運行，往返一致。不再停靠以下站點：康樂站（單向，往嘉園路方向）、南山療養院站、市兒童醫院站和水上樂園站。
2015年12月09日起，廈門公交集團開元公司調整39路的部分停靠站點，具體如下：39路往嘉園路方向，減停天安工業站，改停華光西路上新設的怡景花園站 。
2016年02月05日起，呂嶺路污水管道改造已竣工，途經線路恢復停靠受施工影響的“報業大廈站”和“江頭市場站”公交站點，恢復停靠原有呂嶺路北側（往呂厝方向）的“報業大廈站”。呂嶺路右轉台灣街的39路公交線路停靠原站點。同時，恢復停靠台灣街東側（往仙岳路方向）的“江頭市場站” 。
運行路段
39路（嘉園路站←→軟體園站）
線路走向：
上行：嘉園路站始發，經嘉園路、華光路、興隆路、仙洞路、南山路、園山南路、禾山路、台灣街、呂嶺路、前埔東路至軟體園站。
下行：軟體園站始發，經觀日路、環島幹道、呂嶺路、台灣街、禾山路、園山南路、南山路、仙洞路、興隆路、華光路、悅華路、華光西路、嘉園路至嘉園路站。
沿途站點
39路 島內線路 嘉園路[首班06:25末班21:50]←→軟體園站[首班06:26末班22:00]
跨段站點：嘉園路——軟體園
票價：上車1元，全程1元，E通卡8折優惠。
上行
嘉園路站→天安工業站→華光路站→華景站→康樂站→禹洲新村站→南山凱興路口站→烏石浦油畫村站→龍潭花園站→禾山路站→薛嶺站→天地花園站→江頭市場站→報業大廈站→泰和花園站→公路征費中心站→線務局站→忠侖站→蔡塘廣場站→蔡塘學校站→古地石社站→赤坡山站→明發園站→軟體園站
下行
軟體園站→軟體園東二門站→香山海景苑站→軟體園南門站→明發園站→赤坡山站→古地石社站→蔡塘學校站→蔡塘廣場站→忠侖站→公路征費中心站→泰和花園站→報業大廈站→江頭市場站→天地花園站→薛嶺站→禾山路站→龍潭花園站→烏石浦油畫村站→南山凱興路口路口站→禹洲新村站→華景站→華光路站→怡景花園站→嘉園路站
