1973年經教育部批准，廈門大學歷史系成立考古專業，依託人類博物館的技術設備成立“考古技術實驗室”，開設文物修復、文物拓片、考古繪圖、考古測量、文物攝影等實驗教學項目。同時，設立考古校外實踐基地，先後在湖北江陵紀南城、江西清江（今樟樹）築衛城、江蘇武進斷山墩、福建閩侯曇石山、福清東張等地開展田野考古發掘實習。1984年，廈門大學人類學系正式成立，下設人類學與考古學兩個專業，在原博物館考古技術實驗室、田野實習基地的基礎上，正式設立“考古人類學實驗中心”。1993年考古專業併入歷史系，但中心的跨學科建置和服務於考古學、人類學、歷史學等多學科實驗功能始終沒有改變，初步形成“人類博物館”、“考古技術實驗室”和校外實踐基地組成的三位一體的實驗、實踐教學體系。
近10年來，在學校的統一規劃下，通過實驗教學改革，中心充分挖掘廈門大學海洋考古與人類學（民族學與考古學整合）教學研究的傳統特色，本著資源共享的原則，發揮我校海洋與環境科學、生命科學等學科優勢，新建海洋考古技術實驗室、田野勘察與影像考古實驗室、環境考古實驗室、體質人類學實驗室，充實金相、微痕、出水等文物保護實驗功能。在國家文物局和相關省、區文物和工程建設部門的支持下，先後在江西清江（今樟樹）吳城、新余拾年山、靖安老虎洞、福建崇安（今武夷山）漢城、廣西合浦草鞋村、“三峽工程”與“南水北調工程”系列考古遺址等建立相對固定的田野考古實習基地，在福建寧德金涵畲族村、華安仙都高山族村、連城培田、平和九峰、武夷山下梅等漢人村落建立相對固定的人類學田野調查點。中心並先後投入1387萬元加強中心及博物館的硬體設施建設，加強實驗師資和專業隊伍的培訓，中心的軟、硬體設施建設又上了一個新的台階，實驗教學功能獲得了明顯的擴大與完善。
總之，中心依託廈門大學考古學、人類學、歷史學深厚的人文學術傳統，以及海洋與環境、生命等自然和工程科學的強大學科背景，依託科研，服務教學，已經形成由海洋考古技術、文物保護技術、田野勘察與影像考古、體質人類學、環境考古等校內系列專題實驗室，並與人類博物館現場教學、校外田野實踐教學基地組成的三位一體的實驗教學體系。考古人類學實驗教學中心已經成為廈門大學人文學科中建置最完善、設備最齊全、功能最全面的實驗教學中心之一，是我國南方高校歷史最悠久的、擁有三位一體的完善建置與功能的考古類實驗教學機構，也是我國高校中少有的以海洋考古和考古人類學為特色的考古學實驗教學基地。
