平末端

平末端指DNA分子兩條 鏈在限制性內切酶作用下斷裂的位置是處在 一個對稱結構的中心，形成的一種平齊的末 端結構類型。大多數II型限制酶的識別序列 都是迴文結構，即以雙對稱軸按5'—3'方向 閱讀時，其鹼基順序都是相同的，所以當切割位點在對稱軸上，限制片段為平末端。具 有平齊末端的DNA可以連線，但連線效率 只有黏性末端連線效率的1%。（李英碧）

當限制酶從識別序列的中心軸線處切開時，切開的DNA兩條單鏈的切口，是平整的，這樣的切口叫平末端。

平末端

被限制性內切酶切斷的DNA分子片段，需要一種特殊的酶——DNA連線酶來縫合，恢復被限制酶切開的兩個核苷酸之間的磷酸二酯鍵。E·coliDNA連線酶只能將雙鏈DNA片段互補的黏性末端之間連線起來，不能將雙鏈DNA片段平末端之間進行連線。而T4DNA連線酶既可以“縫合”雙鏈DNA片段互補的黏性末端，又可以“縫合”雙鏈DNA片段的平末端，但連線平末端之間的效率比較低。

提高平末端連線效率的措施

①提高T4DNA連線酶的濃度；②提高DNA片段的濃度；③降低ATP濃度，以增強連線物與DNA結合；④加入多胺化合物，如亞精胺，降低DNA的靜電排斥力；⑤加濃縮劑，如大分子排阻物聚乙二醇（PEG）、強水化物三氯化六氨鈷等。