常在纂修縣誌和改革城鄉國小教育問題上,與知縣李體仁多有爭議;加之他又派員清查劣紳原烈十多年管理教育的賬目,反對陝西督撫借用外債修筑西潼鐵路,引起李體仁和原烈的憤恨,蓄謀迫害。三十四年九月二十二日(1908年10月16日),李體仁率衙役百餘人,緊封縣城四門,直撲教育分會,將常拘捕,革除功名,嚴刑拷打,但他未吐一字。 時人傳誦:“常銘卿,是英雄,挨了五百沒吭聲。”同時被捕師生有40餘人。在獄中,他以“陝西一沙粒”為筆名撰寫文章,揭露“蒲案”事件原委,呼籲各界救援。由於被捕師生守口如瓶,李體仁、原烈等雖明知是同盟會與其作對,但苦無證據。後在省內外、國內外愛國人士聲援下,清廷將李體仁革職,全部開釋被捕師生。
此後,常又與焦子靜、李異材等在西安建立健本學堂,培植革命力量。辛亥西安起義成功後,任陝西省軍政府秘書、教育司次長。1914年陸建章主陝,排除革命黨人,他憤然辭職,隱居鄉間。1920年2月1日過洛河時,不幸失足,溺水而亡。