主要職能
巴東縣林業局的內設機構有：1、貫徹執行中央和省、州有關森林生態環境建設、森林資源保護和國土綠化的方針、政策、法律、法規。
2、研究和擬定全縣林業發展戰略、中長期發展規劃並組織實施；組織實施全縣天然林保護和退耕還林（草）等國家重點工程；管理縣級林業基金；監督全縣林業資金的管理和使用。
3、組織開展全縣植樹造林、國土綠化和封山育林工作；組織、指導植樹種草等生物措施防治水土流失工作；指導全縣國有林場、國有苗圃、森林公園、集體林場及基層林業機構的建設和管理；指導全縣林木種子、種苗、花卉管理工作。
4、組織指導全縣森林資源的管理；組織全縣森林資源調查、動態監測和統計，審核並監督森林資源的使用；組織編制森林採伐限額，經省、州政府審核批准後監督執行；監督林木、竹林的憑證採伐與運輸；組織、指導林地、林權管理並依法對應由國家和省、州批准的林地徵用、占用進行初審。
5、組織、指導全縣陸生野生動植物資源的保護和合理開發利用；指導森林和陸生野生動植物類型自然保護區（點）的建設和管理。
6、組織、協調、指導、監督全縣森林防火工作，發布森林火災信息；指導管理全縣森林公安工作；對破壞森林資源和國家重點保護野生動植物資源的大案、要案查處工作進行指導、協調與監督；組織、指導全縣森林病蟲害、鼠害的防治、檢疫、監測、預報。
7、研究並提出林業產業化經營的方針政策、實施規劃；研究並提出全縣林業發展的經濟調節意見；監管國有林業資產；審核申報重點林業建設項目；指導管理全縣林業基本建設。
8、指導各類商品林和生態林的培育。
9、組織指導林業科技、教育和外事工作；指導全縣林業隊伍的建設；制定林業科技發展規劃，組織重點科研項目攻關和科技成果的推廣套用；統籌規劃全縣林業專業人才培訓。
10、負責管理局機關及直屬單位的黨群工作和紀檢、監察工作並配合有關部門負責其審計工作，指導林業行業的精神文明建設。
11、承辦上級交辦的其他事項。
內設機構
1、辦公室：組織協調機關工作，起草局機關的重要報告、綜合性檔案，負責有關重要會議的組織工作；掌握全縣林業工作動態，組織指導全縣林業宣傳工作；擬定和監督執行局機關的各項議事規則和工作制度，承辦機關文秘、檔案、信息、督查、信訪、保密、計畫生育工作；承擔機關後勤管理工作，負責林業系統工會工作。2、政工股（掛監察室牌子）：貫徹執行黨的幹部人事工作的方針、政策和人事勞動工作的規章制度；負責機關和所屬單位的人事、機構編制、幹部培訓和勞動工資工作及老幹部管理工作；負責林業行業專業技術職稱的管理工作；負責局機關和直屬單位的紀律檢查、行政監察和黨風廉政建設工作。
3、植樹造林股（掛縣綠化委員會辦公室牌子）：指導全縣造林綠化、林木種苗工作和各類林業基地項目的建設與管理；組織指導以植樹造林種草等生物措施防治水土流失和防荒、治荒工作；指導宜林荒山、荒地植樹造林；指導各類商品林和生態林的培育；指導全縣森林旅遊、木本藥材、花卉、森林公園等的建設和管理；承辦林業國際合作與交流及中長期規劃並組織實施，巨觀指導國有林場和集體林場生產經營和管理；負責審定國有林場和集體林場森林經營方案，審核森林採伐限額；指導協調以林場為依託的林工商綜合經營；擬定林業科技發展規劃，指導林業科學研究；承擔林業科技攻關的組織指導和申報工作；承擔林業技術監督和有關植物新品種保護、管理工作；指導基礎林業科技機構的建設和管理；主持縣林學會日常工作。
4、計畫財務內審股：貫徹執行國家有關計畫、財經、統計、審計和外經、外資工作的方針、政策和規章制度。組織制定全縣林業發展和環境保護的戰略規劃、中長期計畫、年度計畫；負責林業建設項目的預審和申報；籌資、安排、管理縣級各項林業基金；指導監督全縣林業財務管理；負責機關行政財務工作；配合有關部門制定林業經濟調節政策和措施；管理全縣國有森林資產以及機關和所屬單位的國有資產；負責林業統計；對所屬單位的財政、財務及其經濟效益進行內部審計監督，行使內部審計監督權；管理全縣林業外事和對外經濟合作項目的專項資金；指導木材（楠竹）採運、木竹加工、林產化工、林業多種經營；指導全縣林產品市場的建設；負責木材節約代用和資源綜合利用開發；協調全縣森工企業與有關方面的關係。
5、資源林政管理股：組織、指導全縣森林資源管理，組織全縣森林資源調查、動態監測和統計；監督植樹造林、封山育林的檢查驗收，審核並監督森林資源的使用情況；負責編制全縣年度森林採伐限額計畫，執行年度森林採伐限額制度；監督管理全縣林木、竹木的憑證採伐，監督管理木材、竹類及其製品的運輸；負責全縣林地、林權管理，對依法應由國家和省批准的徵用、占用林地進行初審；協調、督促和查處林業行政案件；指導相關基層林業工作機構的建設和管理。
6、森林公安股（掛縣護林防火指揮部辦公室牌子）：貫徹執行林業公安和森林防火工作的方針、政策、法律、法規，指導管理全縣林業公安工作，協調和督促查處破壞森林資源、國家重點保護野生動物資源和珍稀植物資源的大案、要案，了解、掌握國有林區和國有林場的社會治安情況；指導全縣森林公安民警隊伍的建設和管理；指導、監督和協調全縣森林防火工作，承擔縣護林防火指揮部辦公室的日常工作；負責機關保衛和綜合治理工作。
7、野生動植物保護股：貫徹執行陸生野生動植物保護與管理的政策、法規，組織、監督和指導陸生野生動植物資源的保護與合理開發利用，組織指導森林和陸生野生動植物類型自然保護區的建設和管理，負責國內瀕危物種出口和國家保護的陸生野生動物、珍稀樹種、珍稀野生植物及其產品出口的審核、申報工作；組織指導全縣森林病蟲鼠害的防治、檢疫和預測、預報；協調、督促和查處涉及野生動物、森林植物保護方面的林業行政案件。
下屬單位
1．巴東縣林業技術推廣站：從事林業生產實用技術的研究和推廣。2．巴東縣天然林保護工程辦公室：開展天然林保護工程項目總體規劃和年度作業設計，組織種苗的生產和項目實施技術指導，對生產任務完成情況進行檢查驗收。
3．巴東縣退耕還林辦公室：開展退耕還林工程項目總體規劃和年度作業設計，組織種苗生產和項目實施技術指導，對生產任務完成情況進行檢查驗收。
4．木材檢查站的職責：依法對水、陸運木材、竹材、松香、野生動植物實施檢查，堅持憑證（木材運輸證、檢疫證、野生動植物運輸證）運輸，驗證放行，對違章運輸者予以查處。
5．森林公安機關：宣傳以《森林法》為主的各項林業法律、法規和行政法規；依法查處各類林業刑事、行政案件，承擔同級護林防火指揮部辦公室的日常工作，維護林區社會治安秩序。
6．巴東縣野生動植物保護站：宣傳貫徹野生動植物保護方面的法律法規；負責全縣野生動植物資源的調查和保護，查處有關危害野生動物的違法案件；負責全縣森林病蟲害的預測預報；進行森林植物檢疫，積極組織防治森林病蟲害。
7．巴東縣林政稽查大隊：管理和查處各類林業行政案件，對基層查處林業行政案件和執法情況進行協助和監督。
8．巴東縣林木種子站：按造林計畫、指導和扶持林農採集種子、培育苗木；開展林木良種選育工作，建立林木良種基地；引進和推廣優良品種；搞好種子經營；組織交流種苗生產經驗，推廣、普及種苗科學技術，為林農服務。
9．巴東縣林業勘查設計隊：林業基地建設勘察設計；林區公路、林道、河道、索道、材場、橋樑建設的設計，房屋建築、園林建築設計；森林採伐、中幼林間伐的勘察設計；森林建檔，進行森林資源和其他林業資源清查；研究和提出採伐限額；進行立地類型、土壤肥力和林分生長量的研究；運用林業規劃成果，對林業用地進行合理規劃。
10.巴東縣林權登記管理中心：辦理林權證初始、變更、登記和動態管理；建立林權資料、信息統計等電腦查詢系統；林權檔案收集、整理、管理及利用，檔案庫房建設和管理；提供林權檔案材料查閱、抄錄和複製服務。
11．林業管理站：完成縣林業局和所在鄉鎮人民政府安排的各項工作任務。
12.國營巴山林場：培育和保護森林資源，提高生態效益；合理利用森林資源；推廣套用科研成果，發揮骨幹示範作用。
