審計內容主要包括：
一、對支付工程價款的審計。其目的在於審查支付工程價款的合理性和合法性;
(1) 審查結算工程款的項目，是否屬於國家計畫內項目。對於計畫外工程項目，不得支付工程款。
(2) 檢查工程質量是否達到設計要求，不合格的工程，一律不予結算。
(3)對“工程價款結算帳單”進行抽查，審查有無錯算、多算或重複計算的現象。對於因工程增減發生的量差、價差所調整的預算，是否按規定程式，辦理簽證或批准手續。如未經建設單位簽證認可，一般不予結算。
二、對分段結算工程款的審計。指承發包單位應根據各地規定的分段結算辦法和契約要求，計算工程款。如“工程價款結算帳單”所列內容，與工程契約不符，建設單位應與施工單位聯繫加以修正，否則，建設銀行有權拒付不符合規定的部分款項;
三、對分次預支和月中預支工程款的審計; 主要審查預付工程款的數額是否合理，有無偏多的現象。預付工程款的數額一般按當月施工計畫工作量的50%預付。如超過此限，應查清情況，防止多付;
四、審查各單項工程是否保留適當的工程尾款，以便控制投資支出，防止浪費、超支和拖延工期。按規定，各單位工程的預付備料款和工程進度款累計數之和，一般以單位工程預算造價的95%為限(分段結算規定為90%)，其餘的工程尾款，俟建設項目竣工後結算。
