在專利技術入股的操作中需要注意如下幾方面的問題：
第一，在實踐中以專利技術入股的形式，包括用專利權入股的、以專利實施權入股的，還有把專利申請權也視為專利技術作價入股。根據新《公司法》第27條的規定“股東可以用貨幣出資，也可以用實物、智慧財產權、土地使用權等可以用貨幣估價並可以依法轉讓的非貨幣財產作價出資;但是，法律、行政法規規定不得作為出資的財產除外。”我認為此三項出資形式都是可行的，但實踐中對於用後兩種方式入股的，在一些問題的處理上還是存在一定的法律障礙的，比如將出資轉讓的問題等。所以首先應該明確以專利技術入股的形式，當然，為了減少將來不必要的糾紛，我們應該首推以專利權入股。
第二，注意以專利權入股需完成以下出資手續方可認定出資無瑕疵，首先須對專利的價值進行評估，然後專利權人依據設立公司的契約和章程到專利局辦理專利權轉移於被投資的公司的登記和公告手續，工商登記機關憑專利權轉移的手續確定以專利技術入股的股東的完成股東投資義務的履行。
第三，注意專利入股的必須是專利的合法權利人。並且在我國法律對能進行股權投資的主體是有規定的，無論是國有企業，法人內設職能機構還是個人進行專利入股都是存在一定的限制。
第四，在使用專利技術入股時，還必須注意技術資料的交接和權利的移交;專利入股方的技術培訓和指導;後續改進成果的權屬和各方的違約責任。
第五，對於專利入股需要特別注意專利技術的可靠性。不可否認由於審批專利的審查員受專利局文獻存儲量的限制和可能有的工作疏忽等原因，把不具備專利條件的技術授予專利權的可能性是存在的，在加之對於實用新型專利和外觀設計專利是不進行實質審查的，所以法律規定任何單位和個人都可以提出宣告專利無效的申請。一旦被宣告無效就不具備財產權的屬性，就不能作為入股的技術。所以對專利進行必要的審查檢索及在契約中約定無效後的處理辦法是非常必要的。
第六，還有一個特別需要強調的問題，就是入股後涉及到的公司治理問題，我國原有的《公司法》規定無形資產的出資金額不能超過註冊資本的20%，但被認定為高新技術企業的，對無形資產的比例可提高到35%。所以過去以無形資產出資的不可能成為公司的大股東，至少不會成為絕對的控股股東，因此在公司治理中只能處於附屬地位。但新《公司法》規定“全體股東的貨幣出資金額不得低於有限責任公司註冊資本的30%”，也就是說智慧財產權的出資比例最高可達到70%，可成為絕對的控股股東。
