光啟中(885~888),姑蘇高僧希圓,居寶林寺勤修三學,演暢經論,著《玄中鈔》數卷。宋乾德元年(963),僧皓仁重建塔,名應天塔。乾德三年(965),敕改清涼寺。崇寧三年(1104),詔改崇寧萬壽禪寺,旋改天寧寺。紹興七年(1137),敕改報恩廣孝禪寺。乾道末(1173),置田5000餘畝,後寺塔幾經毀建,寺田亦失。元至元中(1335~1340),大同法師主事寶林寺,著《寶林類編》、《天柱詩稿》等行世 。
明永樂十一年(1413)。僧善?籌資建寺。嘉靖年間(1522~1567),僧鐵瓦復建塔。萬曆六年(1578),寺僧真理募緣修塔。清康熙初年,僧性覺再度修繕。民國19年(1930),寺毀。後雖復建,然難復舊觀。1956年8月,復毀於颱風。存晉朝西方三聖石佛,移供於藥師庵。1985年,葺應天塔,復建寺,以清涼名,闢為旅遊點。