金元明清
金代建立昌州府(位置在今天的九連城鎮，尚有殘存遺蹟)，此地才第一次在歷史上凸顯出來。
元初，沿襲宋金舊制，仍稱昌州，屬宣德府(河北省宣化市)。延佑六年(1319年)，置寶昌州，屬興和路北境。寶昌州在元代很興盛，曾經建有廣國禪寺和大宮館，這在文獻記載中的《寶昌州修建宮庭記》殘碑與廣國禪寺殘碑，都可窺概貌。
明朝時，寶昌州改為寶昌縣。永樂二十年(1422年)，興和路被蒙古人阿魯台攻破，只好遷往宣化府，興和城變成了廢墟。明朝中葉以後，寶昌縣全境被遊牧部落占領，成為蒙古人的遊牧地。
清康熙十四年(1675年)，屬察哈爾八旗遊牧地。1675年至1684年，清廷從察哈爾左翼四旗(正藍旗、鑲白旗、正白旗、鑲黃旗)抽調牧丁到喀喇尼墩井(貢寶拉格蘇木五旗敖包附近)建立太僕寺旗左翼牧場，屬太僕寺衙門，專供皇室御用軍馬、肉食和祭祀用品，是察哈爾十二旗群之一。
近現代
1918年，由正白旗東部及左翼牧場各一部置寶昌招墾設治局，把炮台營子一帶改叫太僕寺左翼牧場。
1925年，改寶昌設治局為寶昌縣，隸屬於察哈爾特別行政區。
1936年，日軍與偽察哈爾盟公署將太僕寺左翼牧場改名為太僕寺左旗，駐地在炮台營子。隨後將寶昌縣與沽源縣合併成寶源縣，駐地在寶昌鎮。
1950年8月，寶昌縣與沽源縣分開，寶昌縣劃歸察哈爾盟，察哈爾盟公署遷至寶昌鎮。
1956年9月，撤銷寶昌縣建制，原寶昌縣與太僕寺左旗合併成太僕寺旗。
1958年9月，撤銷察哈爾盟建制，大部分政區併入錫林郭勒盟，盟公署遷往錫林浩特，太僕寺旗隸屬錫林郭勒盟。
