室町幕府採取以禪宗為主的佛教政策，整頓向來的五山十剎之制，確立統制五山十剎的僧錄製度。因此，完成一涵括所有五山派的官寺機構。至足利義滿時代，禪僧被任命為‘蔭涼職’，管理幕府的庫房。五山派之外的曹洞宗、大應派及幻住派則於此時完成地方性的發展，被稱為‘林下’，而在室町時代後半期始告抬頭。
由京都五山派禪僧所興起的文學，世稱‘五山文學’，其對後世漢詩、漢文學的影響頗為深遠。室町時代前期所興隆的禪宗信仰，則被吸收至武家社會的精神生活及藝能世界裡。
禪宗等新佛教雖然興起於鎌倉時代，但是在室町時代始完成全國性的教團發展。例如︰淨土宗的鎮西派以鎌倉為中心向關東延伸勢力，聖冏、聖聰等人從事教理的整頓，從各方面以確立教團的規模。西山派以京都粟生的光明寺為中心，對淨土教信仰的影響頗為深廣。真宗以京都東山的親鸞廟堂為中心，以策劃教團的統一。但在覺如時，此一計畫則告失敗，地方教團分立。專修寺派及佛光寺派乃大為興盛。反之，固守大谷廟堂的本願寺遂告衰退。日蓮宗以南關東及東海地方為中心開展初期教團，在室町時代發展為全國性的教派。尤其是日像在上洛所開創的京都日蓮宗，信徒均為工商業者，在城市中創建大寺，勢力極為強大。時宗也依遊行及賦算而流傳民間，並與武士結合以傳播信仰，僧侶參與戰爭，並從舞蹈念佛而朝民間藝能發展。此時為此宗之最盛期。總括而言，此時佛教信仰定著於庶民的精神生活中，尤其更與死者的葬送及祈福儀禮密切結合。佛像雕刻及佛畫也傳播至庶民之間，民間廣造祈福石塔（五輪塔、板碑等）。
1467年的應仁之亂給予傳統的佛教教團相當大的打擊，同時也產生新的佛教運動。此一時代也產生不少具有特殊宗教個性者。如行跡奇特的一休、展開激烈傳道活動的日親，以及糾合本願寺門徒的蓮如等人。又，戰國諸侯為貫徹其分國支配之政策，曾制訂統制領內佛教寺院的方針。新傳入的基督教將歐洲文物傳入的同時，也一併給予佛教甚大的影響。織田信長站在保護基督教的立場，縱火燒毀比睿山、壓迫日蓮宗、擊滅一向一揆，以致傳統佛教因而喪失權威。其後，豐臣秀吉復興佛教勢力，但將佛教列在統治權力之下。嚴格的佛教統制即肇始於此時，而完成於江戶幕府時代。相反的，對政治權力主張自立的日蓮宗不受不施派，卻開始進入其受難時代。
