原因
根本原因
終末之谷決戰結束後，宇智波一族漸漸顯露出對柱間獨霸木葉的不滿。一部分族人開始爭奪木葉的重要職務，試圖瓦解千手一家獨大的局面，甚至圖謀火影的寶座。千手以及其他族群更是對宇智波斑的叛亂行為耿耿於懷；對宇智波喪失信任、隔閡與日俱增。千手扉間為了避免引起大事、同時又不能對宇智波趕盡殺絕。
直接原因
千手扉間成立木葉警務部隊，主要職務均由宇智波族人擔任；這既是表達對宇智波的信任，也同時可以觀測宇智波的一舉一動。自此之後，宇智波在木葉的名望、權利達到頂峰。同時以宇智波富岳為首的宇智波族人也逐漸對木葉的不滿，試圖奪取政權而發動內戰。
措施
宇智波鼬成為了雙重間諜，宇智波富岳讓他觀察木葉高層，相反的，木葉高層讓鼬去觀察宇智波一族。
宇智波一族
宇智波族人日益不滿，特別是在九尾之亂時期，只能聽從木葉指揮而不能戰鬥，被他們所懲治的人憎恨。宇智波加入暗部後，為了收集情報而命令鼬監視木葉高層，同時安排宇智波止水監視鼬，但止水將此內容告訴鼬。
木葉高層
以猿飛日斬為首的高層，對宇智波的行動有所察覺，猿飛日斬主張和平解決而不是動用武力，但志村團藏試圖一舉殲滅宇智波一族。
實行
宇智波滅族宇智波在南賀神社準備發動叛亂，此時，鼬正在神社外的樹上監視。同時匯報給木葉高層，高層人員大為驚訝。匯報完後，志村團藏找到鼬並以佐助威脅鼬去滅族，宇智波鼬只能答應。鼬找到了面具人（宇智波帶土）計畫實行滅族任務但前提不能對村子和佐助動手。
當天晚上，帶土用神威轉移到木葉警務部前動手，鼬也同時動手。在那之後鼬站在電線桿望著歸來佐助感到傷心，鼬回到家中準備殺死自己的父母，但鼬下不了手，父母將佐助託付給鼬，認為鼬是一個“善良的人”。最後佐助回到家中被鼬的幻術擊倒。
結果
宇智波滅族宇智波全族滅亡，佐助在追逐自己的哥哥時開啟單勾玉寫輪眼，用手裏劍擊中了鼬的護額而掉下來，佐助因耗盡體力倒下，鼬撿起護額戴上並流下了眼淚。
聽到此事的木葉高層立即出動暗部到宇智波一族的領地，日斬命令回收所有宇智波族人的遺體並把佐助送去醫療班。最後志村團藏離開時被鼬威脅，說出如果對佐助下手，我就將所有情報賣給他國的話。
第二天，鼬找到猿飛日斬，同時支開所有暗部，日斬向鼬保證照顧佐助，而鼬則加入“曉”防止帶土對木葉動手，鼬對日斬道歉說族人不領情，但日斬卻說自己太天真，未能阻止悲劇的發生。
至此，宇智波滅族事件結束。
