常常套用拼合原理進行孿藥設計,經拼合原理設計的孿藥,實際上也是一種前藥。孿藥設計方法主要有兩種。一是將兩個作用類型相同的藥物,或同一藥物的兩個分子,拼合在一起,以產生更強的作用,或降低毒副作用,或改善藥代動力學性質等。構成孿藥的兩個原分子可以具有相同的藥理作用類型,如阿司匹林(

也可以將兩個不同藥理作用的藥物拼合在一起,形成孿藥,以產生新的或聯合的作用。如苯丁酸氮芥(Chlorambucil)是抗腫瘤藥,但毒性較大。設計以甾體為載體,可增加靶向性,用這種思路將潑尼松龍(Prednisolone)和苯丁酸氮芥形成抗腫瘤藥潑尼莫司汀(Prednimustine),降低了苯丁酸氮芥的毒性。
孿藥設計的方式大致有兩種。一種是與前藥相同的方法,使孿藥進入體內後分解為兩個原藥;另一種是在體內不裂解的方式。