原因
據台灣報紙稱，孫被革職法辦的主要原因是，孫兼任“台灣防衛總司令”及“陸軍總司令”，其兵權僅次於陳誠，成為蔣經國插手軍隊控制軍權的一大障礙，加之孫被視為蔣軍中的“親美派將領”，與美關係密切，蔣擔心他擁兵自重，在美國指使下另有圖謀，對蔣氏父子統治不利，因而急欲去之。
功高震主
孫立人案抗戰軍興，孫立人參與淞滬會戰，在蘇州河一線的阻擊戰中身先士卒，為炮彈所傷，身受13處重傷，昏迷3天。後率部加入中國遠征軍入緬作戰。仁安羌一役，他以一團兵力力戰數倍日軍，殲敵一個大隊，解7000英軍之圍，獲英王喬治6世授予“帝國司令”勳章，為獲得此勳章的外籍將領第一人。兩次中緬印戰役，孫立人和他的新一軍戰績彪炳，殲滅日軍3萬3千人，成為率軍級單位殲滅日軍最多的中國將領，自此聲名鵲起，被歐美軍事家稱作“東方隆美爾”。
1947年調台灣任編練司令，負責新兵訓練。1949年7月，被任命為東南軍政長官公署副長官兼台灣防衛司令。1950年3月，升任為“陸軍總司令兼保全總司令”。1951年晉升為陸軍二級上將。
孫立人仕途雖然比較順利，因他為英美派人物，但他也飽受嫉妒傾軋之苦，他非黃埔嫡系，與“參謀總長”周至柔、“海軍總司令”桂永清、“空軍總司令”王叔銘矛盾重重，更得不到蔣家父子的信任。他崇尚西方軍事思想，抵制國民黨的治軍方法，反對蔣經國在軍中建立“政工制度”，反對加強特務統治；對蔣介石“對攻大陸”的說法也不以為然，主張“先將台灣搞好再說”。這些導致他與蔣氏父子的矛盾加大。
蔣介石退台之初啟用孫立人，其實是利用他的影響尋求美援。後形勢緩和後，孫的作用明顯減弱，而他坐鎮“陸軍總司令部”，對蔣經國勢力擴張妨礙甚大。因此，蔣介石打算在孫立人兩任期滿時的1954年將其免職。孫立人察覺後，想建立自己的勢力圈，但效果不明顯。1954年6月，孫立人被免去“陸軍總司令”之職，調任有職無權的“總統府參軍長”。1955年6月，台灣盛傳孫立人的老部下郭廷亮、江雲錦等預謀在蔣介石閱兵時發動“兵諫”。國民黨特務系統立即行動，逮捕了郭廷亮等103名官兵，孫立人也被偵訊。8月3日，孫立人向蔣介石簽署“辭職書”。8月21日，蔣介石下令免除孫立人“參軍長”職務，並組織人調查“兵諫”案。兩個月後，“調查委員會”做出結論，指責孫的部下郭廷亮“為中共工作”，利用孫的關係在軍中聯絡軍官，準備發動“兵諫”，孫未及時“舉報”，亦未“采適當防範之措施”，“應負責任”。
蔣介石最後以“縱容部屬武裝叛國、窩藏匪諜密謀犯上”的罪名，將孫立人送往台中軟禁。這就是“孫立人事件”，亦稱“孫立人兵變”，直到1988年5月，孫立人才被解除軟禁。
性格 孫立人長期接受美式教育，而且個性孤高自傲，一貫不恥官場的相互傾軋、阿諛逢迎，對於蔣經國的政工系統就更為厭惡。而且作為一個職業軍人，孫並沒有太多的政治權謀，不善協調各方關係，胸無城府，這也使他與蔣經國及黃埔系將領關係日漸緊張。江南（劉宜良）在《蔣經國傳》中提到：“孫是個非常優秀的帶兵官，但是位很壞的領袖。講人際關係，他和他的同僚幾乎沒有人可以合得來。任陸軍總司令期間，每周軍事匯報，從來未準時出席，其理由非常可笑：他不願向周至柔總長敬禮，遲到即可避免，因為總統已經在場。”甚至連蔣經國向他拜年，他都不見。
案件實質
孫立人和吳國楨事件中的吳國楨都是國民黨內部權力鬥爭和蔣氏建立獨裁統治的犧牲品。
