主要職能
(一)貫徹執行黨和國家關於衛生工作的法律法規和方針政策，推進全市醫藥衛生體制改革，擬訂衛生事業改革與發展的規劃和政策並組織實施，組織實施國家、省及南通市的衛生標準和技術規範。(二)統籌規劃與協調全市衛生資源配置，編制和實施區域衛生規劃。組織制定社區衛生服務體系設定規劃，並負責實施和管理。
(三)負責疾病預防控制工作，制定重大疾病防治規劃、免疫規劃和政策措施並組織實施，協調有關部門對重大疾病實施防控與干預，授權發布法定報告傳染病疫情信息。
(四)負責衛生應急工作，制定衛生應急預案和政策措施，負責突發公共衛生事件監測預警和風險評估，授權發布突發公共衛生事件應急處置信息，協調和指導鎮人民政府和有關部門對重大突發疫情、病情實施緊急處置，防止和控制疫情、疾病的發展、蔓延。
(五)指導規範衛生行政執法工作，按照職責分工負責職業衛生、放射衛生、環境衛生和學校衛生的監督管理，負責公共場所和飲用水的衛生安全監督管理，負責傳染病防治監督。
(六)承擔食品安全綜合協調、組織查處食品安全重大事故的責任，負責食品及相關產品的安全風險監測、評估、預警工作，指導和監督市食品藥品監督管理局的業務工作。
(七)研究制訂全市婦幼衛生工作發展規劃和政策措施，負責婦幼保健的綜合管理和監督，指導母嬰保健專項技術的實施，依法開展母嬰保健工作。
(八)負責新型農村合作醫療政策的制訂、資金管理和支付以及定點機構的管理。
(九)貫徹中西醫並重的方針，擬訂全市中西醫藥事業發展規劃、政策措施並組織實施，指導全市中醫、中西醫結合工作的管理。
(十)依法監督管理全市醫療衛生機構、采供血機構及臨床用血質量。負責管理全市醫療救護，組織調度全市衛生技術力量。指導全市醫療衛生機構改革，實施醫療機構和從業人員執業、診療技術、大型醫療設備許可制度，組織實施國家和省、市關於醫務人員執業標準、醫療質量標準、服務規範和職業道德規範。
(十一)研究制訂全市重點醫學科技、教育發展規劃並組織實施，指導醫學科技成果的普及套用工作，
(十二)協同有關部門負責老幹部、勞動模範、知識分子保健和殘疾人三項康復工作，組織徵兵、招生體檢，參與職工因公(工)致傷、致殘和勞動能力鑑定，負責重大活動的醫療衛生保障工作。
(十三)貫徹執行國家基本藥物制度和藥物政策，組織實施藥品法典和國家基本藥物目錄，擬訂基本藥物的採購、配送、使用的政策措施。
(十四)承擔市政府愛滋病防治工作委員會和市愛國衛生運動委員會的具體工作。
(十五)組織擬訂全市衛生人才發展規劃，指導衛生人才隊伍建設工作。負責局機關並指導所屬醫療衛生單位的機構編制、人事、勞資工作，指導各級各類醫療衛生單位加強行政、業務、財經、後勤等管理。
(十六)編制衛生事業經費預算、決算，加強對政府舉辦的醫療衛生機構國有資產的監督管理，研究提出衛生服務價格建議，協同有關部門指導醫療衛生收費管理並監督檢查。
(十七)負責本局機關及所屬單位的紀檢監察、工會、共青團和婦女工作。
(十八)承辦市政府交辦的其他事項。
內設機構
(一)辦公室協助局領導組織、協調、督促局機關的政務工作;負責機關作風建設;負責全局性會議的會務和局機關理論學習、文電處理、文秘、信息、機要保密、文檔管理、信訪、保衛、財務、財產、後勤服務等工作，管理局機關內部事務。
(二)法制科
負責衛生法制教育及衛生監督、執法、行政訴訟案件的應訴，衛生行政複議和重大行政處罰案件的聽證等事項的組織協調及督促辦理工作;指導規範衛生行政執法工作。
(三)疾病預防控制與公共衛生監督科(食品安全監管科、行政許可科)
擬訂重大疾病的防治規劃、免疫規劃和嚴重危害人民健康的公共衛生問題的干預措施並組織實施，完善疾病防控體系，防止和控制疾病的發生和疫情的蔓延;承擔發布法定報告傳染病疫情信息工作;組織實施重大公共衛生服務項目;承擔市政府愛滋病防治工作委員會的具體工作。擬訂衛生應急和緊急醫學救援規劃、制度、預案和措施;指導突發公共衛生事件的預防準備、監測預警、處置救援、分析評估等衛生應急活動;組織實施對突發急性傳染病防控和應急措施;對重大災害、恐怖、中毒事件及核事故、輻射事故等組織實施緊急醫學救援;授權發布突發公共衛生事件應急處置信息。按照職責分工，負責職業衛生、放射衛生、環境衛生和學校衛生的監督管理;負責公共場所、飲用水等的衛生監督管理;負責傳染病防治監督;督辦重大公共衛生違法案件。負責食品安全綜合協調工作，組織查處食品安全重大事故;組織開展食品安全風險監測、評估、預警工作，授權發布重大食品安全信息。承辦醫療機構、母嬰保健技術服務、食品衛生、公共場所衛生、飲用水衛生、職業衛生、放射衛生等許可;承辦醫師、護士、鄉村醫生的執業註冊。
(四)社會衛生與婦幼保健科
負責牽頭促進基本公共衛生服務均等化;指導實施全市農村新型農村合作醫療制度。指導鎮衛生所、村衛生室、城市社區衛生服務機構的建設管理;負責社區醫生和鄉村醫生相關管理工作。制訂全市婦幼衛生工作規劃，依法開展母嬰保健工作;配合有關部門做好計畫生育技術服務的相關工作;指導全市婦女、兒童保健業務，監督母嬰保健專業技術的實施。
(五)醫政科(中醫管理科、科技教育科)
擬訂衛生事業中長期發展規劃，統籌規劃與協調全市衛生資源配置;負責制訂本市醫療機構的設定規劃、技術發展規劃並組織和監督實施。擬訂中醫藥事業發展規劃、計畫並組織實施;管理和指導全市中醫和中西醫結合工作。負責全市各級各類醫療機構、采供血機構及其從業人員執業活動的監督管理;負責診療技術及大型醫療設備準入;負責對各級各類醫療機構的醫療及護理質量的檢查、監督，加強醫療安全管理;組織對申請醫療事故技術鑑定的事件的調查與處理;整頓和規範醫療服務市場，組織查處違法行為，督辦重大醫療違法案件。組織實施藥品法典和國家基本藥物制度，負責藥品採購配送工作的組織實施。擬訂重點醫學科技、教育發展規劃，組織實施重點醫藥科研攻關項目，指導醫學科技成果的推廣和科普工作，組織開展繼續醫學教育工作。組織徵兵、招生體檢，參與職工因公(工)致傷、致殘和勞動能力鑑定，負責重大活動的醫療衛生保障工作。
(六)愛國衛生科
承擔市愛國衛生運動委員會的具體工作。制訂全市愛國衛生長遠規劃、年度計畫和階段實施計畫，統籌協調市愛衛會成員單位分擔任務的落實;組織開展創建衛生城市(鎮、村)、農村改水、改廁等工作;負責開展民眾性衛生監督管理和衛生檢查工作;擬訂健康教育規劃，負責健康教育管理工作;組織開展除害防病工作。
(七)人事科
負責所屬醫療衛生單位的黨組織建設、黨員隊伍管理、幹部隊伍管理、理論學習、宣傳教育等工作;組織制訂全市衛生人才發展規劃，指導衛生人才隊伍建設工作;負責局機關並指導所屬醫療衛生單位的機構編制、幹部人事、教育培訓、勞動工資等工作;負責衛生專業技術人員的資格認定、職稱、工資、專家管理以及人才交流與服務的指導工作;組織局機關公務員制度的實施、考核以及所屬醫療衛生單位工作人員的年度考核、行政獎勵工作;負責機關離退休幹部工作，指導所屬單位的離退休幹部工作;負責工青婦等群團工作。
(八)財務審計科
負責編制衛生事業經費預算、決算;協調、指導、審計系統內醫療衛生單位的國有資產管理和基本建設;指導、監督、審計系統內醫療衛生單位財務收支與管理;會同有關部門協調和指導全市各級各類醫療衛生單位票據管理和收費管理;負責全市衛生行業會計制度的推行、衛生財會人員的業務培訓和衛生統計工作;指導、督查所屬醫療衛生單位後勤管理、生產安全;負責指導、審計醫療衛生單位醫療服務價格、藥品價格。
另按有關規定設定監察室。
