指在雙鏈DNA的局部有不能形成正常鹼基配對即失配時,將其修正使之變成有規律的DNA結構的過程。在遺傳的重組的中間體中存在的異源雙鏈部分(參見霍利迪模型)或在DNA複製過程中吸收了錯誤的鹼基時都會產生失配。修復是這樣進行的:即在失配部位附近的單鏈(大概是其部位的5′末端一側)發生裂縫,從該處開始在一定長度內(包括失配部位)的核苷酸(大腸桿菌約2000左右),由酶的作用而除掉,該部分以殘留的單鏈為模板,進行修正合成重新補上除掉的部分。在重組中間體上產生失配時,例如在鹼基置換型變異和野生型之間的失配,因異源雙鏈部分的兩鏈之間沒有區別,所以修正哪一型是無規的。但如果其變異是由於鹼基的加入或缺失,則前者修正野生型,後者修正變異型,即具有修正短的單鏈的傾向。在DNA複製中,錯誤吸收的失配鹼基,立即由DNA聚合酶本身所具有的校正功能(參見DNA聚合酶)所除掉。然後重新複製,對那些在此過程沒有被修正的失配,更有新的修正失配的機構物質來起作用。此時,複製時的親鏈已經有甲基化等鹼基修飾,在接受修飾以前子鏈被除掉和修正。
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