部門職能
（一）組織貫徹國家和省關於食品、保健品、化妝品安全管理方面的法律、法規；組織有關部門按照有關規定製定食品、保健品、化妝品安全管理的措施辦法，制定工作規劃並監督實施。
（二）依法行使食品、保健品、化妝品安全管理的綜合監督職能，組織協調有關部門承擔的食品、保健品、化妝品安全監督工作。
（三）依法組織、協調轄區內重大食品、保健品、化妝品安全事故的調查處理工作；根據州政府或省食品藥品監督管理局授權，組織協調開展食品、保健品、化妝品安全專項執法監督活動；組織協調和配合有關部門開展食品、保健品、化妝品安全重大事故的應急救援工作。（四）綜合協調轄區內食品、保健品、化妝品安全的檢測和評價工作；會同有關部門制定食品、保健品、化妝品安全監管信息的分析、預測及發布辦法並綜合情況定期向社會發布。
（五）貫徹國家和省藥品監督管理法律法規和規章並監督實施；領導全州藥品監督管理機構開展工作；依法對藥品的科研和藥品及醫療器械生產、經營、使用單位進行監督管理。
（六）承辦省局在初審評價新藥、仿製藥品、保健品、進口藥品、中藥保護品種中的相關工作；貫徹國家處方藥、非處方藥分類管理制度；按省局安排做好藥品不良反應的監測及管理工作；依法對藥品、醫療器械的包裝、標籤、說明書和廣告進行監督、檢查，指導全州藥物濫用監測和藥物依賴防治康復工作。
（七）依法核發《藥品經營許可證》（零售）、《易製毒化學物品許可證》（使用）；承辦省局在藥品生產、藥品經營（批發）、醫療單位製劑、易製毒化學物品許可證（批發）核發中的相關工作。貫徹和監督實施《藥品生產質量管理規範》（GMP）、《藥品經營質量管理規範》（GSP）、《藥品非臨床研究質量管理規範》（GLP）、《藥品臨床試驗質量管理規範》（GCP）、《中藥材生產質量管理規範（試行）》（GAP）、《醫療機構製劑配製質量管理規範》。
（八）承辦省局在醫療器械生產、經營許可證核發中的相關工作，根據省局的授權，負責轄區內醫療器械零售企業的審批。
（九）監督檢定、抽檢藥品和醫療器械生產、經營及醫療單位的藥品和醫療器械的質量；依法查處制售假劣藥品、醫療器械和其它違反藥品及醫療器械管理法規的行為和責任人；依法監管麻醉藥品、精神藥品、毒性藥品、放射性藥品及特種藥械；監督實施藥品的行政保護；監管中藥材專業市場。
（十）依據分級管理原則，負責全州藥監系統幹部人事和機構編制管理，以及相關的工資福利、基層建設、教育培訓、黨群建設、思想政治等工作；對本系統財務、經費、資產實行統一管理。
（十一）負責執業藥師（含執業中藥師）的管理工作；組織實施全州藥品生產、經營企業和藥品檢驗機構的藥學專業技術人員職稱評定工作；負責藥品監督員的考核、管理工作。
（十二）協助有關部門實施全州醫藥行業巨觀管理工作，配合有關部門貫徹實施國家和省、州醫藥產業政策。
（十三）承辦省局和州委、州政府安排的其它工作。
直屬機構
（一）縣（市）食品藥品監督管理局
大理州食品藥品監督管理局下設大理市、賓川縣、祥雲縣、彌渡縣、南澗縣、巍山縣、洱源縣、鶴慶縣、永平縣、漾濞縣、劍川縣、雲龍縣共十二個縣級食品藥品監督管理機構，名稱統一為“XX（自治）縣（市）食品藥品監督管理局”。機構規格為正科級。
縣（市）食品藥品監督管理局主要職責是：在州食品藥品監督管理局的直接領導下，負責在所轄區域內貫徹實施食品、保健品、化妝品、藥品、醫療器械管理工作的法律、法規；依法行使食品、保健品、化妝品安全管理的綜合監督職責，組織協調有關部門承擔的食品、保健品、化妝品安全監督工作；依法組織協調縣（市）重大食品、保健品、化妝品安全事故的調查處理；根據省、州、縣（市）政府的安排和州局的授權，組織協調開展食品、保健品、化妝品安全的專項執法監督活動；依法查處制售假劣藥品、醫療器械和其它違反藥品及醫療器械管理法律法規的行為和責任人；監督管理藥品、醫療器械廣告；承辦州局安排的藥品、醫療器械監管的相關工作；承辦州局和縣委、政府交辦的其他工作。
縣（市）食品藥品監督管理局內設三個職能科室。
（二）大理州食品藥品檢驗所
大理州食品藥品檢驗所為大理州食品藥品監督管理局技術監督機構，機構規格為正科級，其職責是：負責轄區內藥品生產、經營、使用單位藥品質量的技術監督和業務指導；開展藥品檢驗和質量等有關方面的科研工作，綜合上報或反饋藥品質量情報信息；完成上級食品藥品監管部門下達的年度抽樣檢驗計畫及日常監督檢驗；接受轄區內藥品生產、經營、使用單位的送樣檢驗；完成州食品藥品監督管理局交辦的藥品質量考核任務；根據職能調整增加相應技術監督和質量檢驗職能；承辦州局安排的其他工作。
內部設定辦公室、業務室、化學室、生測室、中藥室、食品室。
