場外市場為主大勢所趨
債券是一種以票面所載利率作為收益的一種固定收益證券，由於其固定收益，使得市場交易價格不應出現大幅波動。此外，債券的投資者一般是機構投資者，機構投資者通常買進或賣出的數量都很大，由此要求交易成本很小，享受批量買賣的好處。
在交易所市場中，交易的價格是通過投資者下達的買賣指令後競價產生的，其優點在於投資者自己報出買賣價格，並通過買賣雙方的競爭機制決定價格，其交易過程透明，形成的交易價格公正、公平。但對於大批量買進或賣出的機構投資者卻存在一個問題，如果要大批量買進或賣出一隻債券，在目前的價格下卻未必能有如此大的量成交。
交易所以指令驅動的交易方式，使大額交易者不能在某一確定價位成交，產生了價格風險，交易者通常必須發出多個交易指令，但也經常不能保證成交的及時性和預定交易額的完成。
在場外交易市場中，通過報價驅動機制，做市商對其登記註冊的債券報出買賣雙向價格並承諾按報價維持雙方交易，即投資者隨時可以按做市商報出的買賣價格買賣債券，大宗交易則在做市商報價的基礎上由買賣雙方協定成交。因此，無論交易數量多少，債券交易價格都是相對穩定的，有利於促進債券交易市場的發展。因此，今後中國債券流通市場的發展將會以場外交易市場為主，交易所市場交易方式為輔的模式進行。
銀行間市場效率有待提高
就我國當前和今後的發展趨勢看，真正有效的場外證券交易市場起碼要具備以下五個條件：A、有合理的政府制度安排；B、有自律性的組織及其相應的規則；C、有嚴格的做市商制度和高效的同業經紀人制度；D、有為市場交易提供清算和結算服務的權威的託管、清算和結算系統；E、有確保市場信息及時準確傳播與披露的制度傳遞系統，保證市場具備足夠程度的透明性。
對照來看，我國目前的銀行間市場就屬於這種有著統一組織(統一的前台報價系統與後台託管結算系統)和規則的現代場外證券交易市場。但距離上述五個條件尚有一定的差距，需要在組織規則、基礎設施、信息披露制度等方面加強建設，提高銀行間債券交易市場的效率。
在目前現階段，交易所市場與銀行間市場應該是互補的關係，通過改革債券託管體制以及市場參與制度，至少使債券在兩個市場之間自由轉託管、交易者能夠在兩個市場自由交易，通過不受市場限制的套利來均衡兩市場間的差價，從而使市場在這一意義上趨於統一，共同確保整個債券市場運行的通常與高效。
改革債券託管體制
應著力改革債券託管體制，加快統一高效的債券託管結算系統的建設。目前，債券託管結算體制體現出明顯的分割性，總共有兩種債券託管結算系統：一類是由中國人民銀行監管的中央國債結算登記公司，作為銀行間債券市場的後台支撐系統，負責銀行間債券市場交易的各類債券的託管與結算事宜；另一類是由中國證監會監管的中國證券登記結算公司，其下又分成上海分公司和深圳分公司，分別負責上海證券交易所與深圳證券交易所包括債券在內的所有場內證券的託管、清算、結算事宜。
