鄭州大學基礎醫學院前身為原河南醫科大學基礎醫學院，繼1928年河南醫學院的創建而成立，曾培養了大批高級醫學人才，在省內外享有很高的聲譽。
現在的基礎醫學院下設13個教研室，1個實驗教學中心，14個研究所，基礎醫學一級學科博士學位和碩士學位授權點，生理學、神經生物學、細胞生物學、生物化學與分子生物學、藥理學等5個生物學與藥學碩士學位授權點，是國務院審批的首批獲三級學位授予權的單位。有省級重點學科6個（病理學與病理生理學、人體解剖學與組織胚胎學、病原生物學、生物化學與分子生物學、神經生物學、藥理學），省級優秀課程8門（人體解剖學、生理學、寄生蟲學、微生物學與免疫學、藥理學、病理生理學、組織胚胎學、醫學遺傳學），省級精品課程2門（寄生蟲學、人體組織學與胚胎學），校級精品課程5門（生理學、人體解剖學、病理生理學、藥理學）。現有教師137人，教輔68人。其中教授28人，副教授39人，高級實驗師28人，博士生導師12人，碩士生導師46人，並有一大批青年教師作為教學、科研和臨床實踐研究的中堅力量。
近五年基礎醫學院承擔各級科研項目278項，其中國家級課題13項，（均為國家自然科學基金）；省部級課題119項；廳、局級（省衛生廳、省教育廳研究課題）課題141餘項。共獲衛生部科技進步獎2項、省級科技進步獎25項、廳、局級科技進步獎30餘項。
基礎醫學博士學位授權點（一級學科）包括以下二級學科：病理學/病理生理學 人體解剖學/組織學與胚胎學 免疫學 病原生物學法醫學 放射醫學 航空、航天與航海醫學基礎醫學碩士學位授權點（一級學科）包括以下二級學科：病理學/病理生理學人體解剖學/組織學與胚胎學 免疫學 法醫學 放射醫學 航空、航天與航海醫學生物學和藥學方面的二級學科碩士學位授權點生理學碩士學位授權點 神經生物學碩士學位授權點 藥理學碩士學位授權點 生物化學與分子生物學碩士學位授權點 細胞生物學碩士學位授權點
省級重點學科病理學與病理生理學（1988年起）人體解剖學與組織胚胎學（1988年起）生理學（1988－1996年）免疫學（1996－2000年）病原生物學（2004年起）生物化學與分子生物學（2004年起）神經生物學（2004年起）藥理學（2005年起）
研究所（中心、室）基礎醫學研究所醫學遺傳研究所生殖與避孕研究所疼痛研究所寄生蟲學研究所腫瘤生物治療研究中心分子細胞生物學研究中心神經泌尿外科治療中心腦癱外科研究治療中心熱帶病研究中心雷射醫學研究中心司法鑑定中心食管癌研究室癌前期病變研究室
科研基地河南省腫瘤病理重點實驗室（1994）河南省分子醫學重點開放實驗室（1998）國家科技部與河南省共建細胞去分化研究室（2004）河南省高等學校食管癌重點學科開放實驗室（2005）河南省醫學套用基礎重點開放實驗室（2005）國家級新藥臨床實驗基地（1996）基礎醫學博士後流動站
