2、單倍體基因組的前提：基因組可以與其他基因組交換（細菌可以轉化、轉導、接合，噬菌體不知道了）
3、有減數分裂過程的：要么傳代周期短，要么細胞可培養，要么有家系遺傳數據；（另有輻射作圖法，暫不計入）
細胞器基因組（線、葉基因組）是符合條件的，唯一的問題就是基因組太小，遺傳標記的解析度太高，不過線粒體有16kb，應該是可以容下多個遺傳標記了，所以結論就是可以進行連鎖分析。
染色體上兩個位點從親代傳給子代時，若相距1cM，就有1%的重組機會。整個人類基因組含3.2×109bp，相應約有3300cM，每個染色體平均約有150cM，1cM約為1000kb。因此，一個致病基因和標記位點緊密連鎖，二者不須在同一條染色體的同一區段，一條染色體可以產生大量的DNA多態，只要提供足夠的家系，按孟德爾方式遺傳的疾病都可將其基因定位。
局限性
儘管連鎖分析在實際研究中已經證實可靠有效，但在對於複雜疾病的研究中，卻存在很大的局限性。首先，連鎖分析更適用於單基因疾病的遺傳研究，而在目前已知的疾病當中，複雜疾病占了絕大多數。其次，連鎖分析對於致病性高、數量少的遺傳變異具有較好的適用性，但對於中效甚至弱效的突變則顯得力不從心。最後，通過連鎖分析在染色體上的定位通常是cM級別，也就是百萬個鹼基對，這其中包含的成百上千的基因，要精細定位出突變位點仍有很長的路要走。因此對於複雜疾病，連鎖分析只能提供部分參考性意見。知識延伸——連鎖分析
中文名稱：連鎖分析英文名稱：linkage analysis
定義：研究某一基因與其他基因連鎖關係的方法。
套用學科：遺傳學（一級學科）；經典遺傳學（二級學科）
