早年經歷
埃萊奧諾拉·貢扎加於1598年9月23日在曼圖亞出生，是曼圖亞和蒙菲拉托公爵文森佐·貢扎加和埃萊奧諾拉·德·美第奇的幼女。埃萊奧諾拉的祖父母是曼圖亞和蒙菲拉托公爵古列爾莫·貢扎加和奧地利的埃萊奧諾雷女大公；她的外祖父母是托斯卡納大公弗朗切斯科一世·德·美第奇和奧地利的約翰娜女大公。埃萊奧諾拉於11月22日接受了洗禮，她的洗禮名“埃萊奧諾拉·安娜·瑪麗亞（Eleonora Anna Maria）”是為了紀念她的母親和其母的兩個同胞妹妹：安娜·德·美第奇和瑪麗亞·德·美第奇（瑪麗亞·德·美第奇後來成為了法國國王亨利四世的妻子，其法語譯名瑪麗·德·美第奇更廣為人知）。儀式由曼圖亞主教弗朗切斯科·貢扎加主持，她的教父母是：內奧地利大公斐迪南三世（即其未來的丈夫，神聖羅馬帝國皇帝斐迪南二世，由雅各布·普蘭特納代為出席）和西班牙王后瑪格麗特。
埃萊奧諾拉在歐洲文化和科學中心之一的曼圖拉度過了童年。當她十歲時，她的教育被委託給了她的姑姑，費拉拉和摩德納公爵太夫人瑪格麗塔·貢扎加。當時，瑪格麗塔居住在由其創立的聖奧索拉教堂（Chiesa di Sant'Orsola ）內，但她從未成為修女。瑪格麗塔確保她的侄女接受了良好的教育，其中包括學習外語、歷史、音樂和繪畫。在宗教氛圍中長大的埃萊奧諾拉深受影響，她成為了一名虔誠且樂善好施的教徒。1610年初，文森佐公爵準備將12歲的女兒埃萊奧諾拉許配給帕利亞諾親王馬爾坎托尼奧四世·科隆納，同年3月，雙方簽訂了一份婚姻協定，根據協定規定，埃萊奧諾拉將獲得13萬斯庫多的嫁妝。然而，由於科隆納家族與多里亞家族先前就已經締結了婚姻契約，因此，談判很快就終止了。隨後，埃萊奧諾拉和薩伏依公國的繼承人，皮德蒙特親王維托里奧·阿梅迪奧（後來的薩伏依公爵維托里奧·阿梅迪奧一世）的婚姻談判啟動，由於這位準新郎希望通過埃萊奧諾拉的嫁妝獲得一大片領土，因此這場婚事遭到了貢扎加家族的拒絕。當文森佐公爵於1612年去世時，他還沒來得及安排小女兒的婚事。
婚姻生活
1621年7月，鰥居的神聖羅馬帝國皇帝斐迪南二世派樞密院議員約翰·烏爾里希·馮·埃根貝格男爵到曼圖亞，命令他就自己與埃萊奧諾拉的婚姻事宜進行談判。由於結婚雙方不僅是血親而且還存在教父母與教子女的關係，因此，在這兩方面都得到聖座的特許後，雙方於11月21日簽訂了婚姻契約，該契約照搬了斐迪南和原配的婚姻契約的內容。同日，雙方在曼圖亞公爵宮殿的聖芭芭拉教堂內舉行了代理婚禮。官方婚禮於1622年2月2日在因斯布魯克舉行，慶祝活動相當普通。埃萊奧諾拉在親屬陪同下與斐迪南二世在皇宮小教堂結為連理。作為斐迪南的結婚禮物，埃萊奧諾拉收到了由鑽石和珍珠製成的，價值3萬達克特的珠寶；此外，臣服於其丈夫的提洛爾人還給了埃萊奧諾拉18000弗羅林。
婚禮過後兩天，這對新婚夫婦和來賓參加了一次禮拜儀式。兩天后，埃萊奧諾拉的親屬收到了皇帝的禮物並啟程返回曼圖亞，翌日，埃萊奧諾拉和斐迪南一起前往維也納。儘管夫婦二人年齡懸殊，但埃萊奧諾拉和斐迪南的婚姻還是美滿的。這對夫婦沒有孩子，但埃萊奧諾拉能與其所有繼子女形成親密的關係，特別是年紀最小的利奧波德·威廉大公，在他的影響下，埃萊奧諾拉也對藝術與文學產生了興趣。與其丈夫一樣，埃萊奧諾拉是一個極度虔誠的教徒並且是反宗教改革運動的堅定支持者，她資助了眾多教堂和修道院，還對慈善事業很感興趣。皇帝和皇后的告解神甫都是耶穌會會士。埃萊奧諾拉和丈夫都喜歡狩獵和音樂，不久，皇帝就修改了婚姻契約，使其內容對埃萊奧諾拉來說更為有利。
皇后生涯
埃萊奧諾拉一到維也納就學會了德語。她僱傭了前皇后的侍從，將她大部分的母國侍從都送回了曼圖亞。斐迪南將原屬於其原配的特蕾西亞學校送給了埃萊奧諾拉，後來，她又獲得了拉克森堡城堡和美泉宮的產權。1622年7月26日，埃萊奧諾拉在布拉迪斯拉發被加冕為匈牙利王后；1627年11月7日，她在雷根斯堡主教座堂被加冕為神聖羅馬帝國皇后和德意志王后；同年11月21日，埃萊奧諾拉又在布拉格被加冕為波希米亞王后。
埃萊奧諾拉對政治不感興趣，但她試圖成為她臣民的好皇后。她經常陪同丈夫會見帝國內的選帝侯和各國統治者，捐資建造了維也納奧古斯丁教堂內的洛雷托聖瑪利亞小教堂。1627年9月9日，這座教堂獲得了神職人員的認可，成為了第二個被帝國宮廷使用的教堂。教堂後還修建了一座放置逝者心臟的墓穴，後來，哈布斯堡家族成員的心臟都被安放在此地。在教宗烏爾班八世的準許下，皇后在維也納修建了一座赤足加爾默羅修會修道院，並在遺囑中捐贈了8萬弗洛林，以祈禱她死後的靈魂得到救贖。埃萊奧諾拉還和丈夫一起在維也納修建了另一座赤足加爾默羅修會修道院，她也是為無家可歸者安排葬禮的兄弟會的贊助人。埃萊奧諾拉也對格拉茨的赤足加爾默羅修會提供了支持。
儘管埃萊奧諾拉關注著她的德意志臣民，但她並不否認她對來到她的宮廷的義大利同胞給予了支持。皇后向義大利的音樂家和舞蹈家提供贊助。多虧了她，維也納的帝國宮廷成為了歐洲巴洛克音樂的中心。埃萊奧諾拉開始在皇室的特殊慶典期間參與傳統的歌劇和芭蕾舞演出，第一次發生在1625年，正值斐迪南二世的生日，為此，還在霍夫堡皇宮內修建了大木廳。埃萊奧諾拉深切關注著1628年至1631年期間爆發的曼圖亞繼承戰爭，她的三個哥哥，三位曼圖亞公爵（分別是弗朗切斯科四世·貢扎加、費迪南多·貢扎加和文森佐二世·貢扎加）接連無嗣而終點燃了戰爭的導火索。戰爭期間，帝國軍隊還占領並洗劫了她的故鄉曼圖亞。
孀居生活
1637年2月15日，皇帝斐迪南二世去世。孀居的埃萊奧諾拉定居在丈夫陵墓附近的格拉茨城堡。同年，她又搬到維也納，定居在她早先建立的赤足加爾默羅修會修道院內。據同時代人所說，皇太后過著虔誠的生活。她也在維也納外的宮殿里度過了部分時光，例如，她曾在舍恩布倫生活過一段時間，並主要根據義大利巴洛克風格對那裡的園林進行了美化。1637年4月18日，埃萊奧諾拉作為皇太后所獲得的津貼數額得到了確定，在此之前，這個數額一直反覆變化。她在結婚期間從丈夫那裡得到的珠寶，包括婚禮當天丈夫送給她的鑲有珍珠的鑽石，都被歸還給了哈布斯堡家族的庫房。皇太后照舊與其義大利和奧地利親戚保持著積極的聯繫。曼圖亞和蒙費拉公爵卡洛·貢扎加委託皇太后代替自己參與他妹妹埃萊奧諾拉和皇太后的繼子斐迪南三世皇帝之間的婚姻談判，最終，雙方於1651年2月8日簽署了婚姻契約。埃萊奧諾拉的遺囑於1651年開始草擬，並在其去世前不久進行了最後一次修改，皇太后的侄女，與其同名的埃萊奧諾拉皇后成為了她的主要繼承人。除此之外，她還留下了大筆的錢用於葬禮的追思禮拜和慈善事業。1655年6月27日，埃萊奧諾拉在維也納去世，享年56歲，她被安葬在赤足加爾默羅修會修道院內。她的心臟被安置在一個容器里，這個容器被放在她丈夫陵墓旁邊。1782年，她的遺體被轉移到維也納的聖斯特凡大教堂內。
