主要職責
開展國家衛生改革與發展戰略研究，參與衛生改革發展實踐工作；
開展與國民健康相關的公共衛生政策研究，為國家制定衛生政策提供諮詢與建議；
開展衛生管理領域的研究與實踐；
開展衛生政策與技術評估的研究與實踐工作；
衛生經濟與衛生管理基礎理論與方法學研究及其實踐工作。
機構設定
中心現設有15個研究室，3個行政管理處室，4個附設機構 及1個博士後科研工作站
研究室
衛生費用核算與政策研究室
中國衛生總費用核算體系和測算方法研究；
次國家級衛生費用核算研究與指導；
衛生總費用數據開發與政策套用研究；
衛生籌資公平性研究；
政府衛生投入監測研究；
衛生總費用和政府衛生投入監測系統信息化研究；
衛生行業衛星核算研究；
衛生髮展規劃研究；
健康服務業研究。
衛生財政與績效研究室
衛生財政理論研究；
政府在衛生事業發展中的財政責任研究；
政府衛生投入的預算管理方式研究；
政府衛生投入政策及其績效評價研究。
醫療保障研究室
城鄉醫療救助制度研究；
新型農村合作醫療制度研究；
城鎮職工基本醫療保險制度研究；
流動人口醫療保障問題研究；
國外醫療保障制度研究；
醫療保障基礎理論研究。
支付制度與醫學編碼研究室
醫藥和醫療服務價格體系研究；
支付制度和醫院補償機制的理論、套用、政策和管理研究；
醫學分類與編碼的研究、創建與維護；
受WHO委託實施ICD病例組合在中國的套用並負責對ICD的有關內容進行更新和修訂；
參與WHO操作分類的國際開發,參與WHO-FIC編碼工作在亞太地區的實施
在醫院支付領域為政府提供決策與管理的技術諮詢工作；
向開發中國家提供技術援助。
醫院管理與改革研究室
公立醫院改革與治理研究；
公立醫院戰略發展研究；
醫院績效評價研究；
醫院成本管理研究；
醫院薪酬管理研究。
農村衛生研究室
衛生服務體系建設和發展中政府和市場關係研究；
綠色衛生服務體系研究；
整合縣、鄉、村一體化的醫療衛生服務體系研究；
社會經濟發展與農村居民健康需求變化研究；
健康城市（鎮）建設和可持續發展研究。
社區衛生研究室
開展社區衛生服務的理論與政策研究；
承擔國家社區衛生服務發展規劃實施的組織協調、業務指導工作；
承擔全國社區衛生服務發展規劃實施的信息收集、整理、分析與管理工作，參與全國社區衛生信息系統的規劃建設工作；
協助衛生部組織實施對全國社區衛生服務體系建設的檢查評估、信息諮詢和培訓工作。
公共衛生與風險研究室
健康安全與風險管理理論的創建與完善；
醫療衛生領域的風險識別、防範、控制與諮詢；
國家衛生計生髮展戰略、政策與制度制定與實施中的安全與風險管理研究與諮詢；
老年等脆弱人群與服務對象健康安全政策研究；
公共衛生應急與風險管理研究；
生殖健康安全與風險研究。
衛生人力研究室
衛生人才隊伍建設策略研究；
衛生人力管理制度機制研究；
國際衛生人力研究。
藥物政策研究室
藥品政策和管理研究；
藥品的綜合評價研究；
醫藥產業發展研究。
衛生技術評估研究室
衛生政策評價與研究；
衛生規劃評價與研究；
公共衛生項目效果評價研究；
臨床治療技術效果與經濟學評價研究；
臨床診斷技術效果與經濟學評價研究；
藥物經濟學評價；
技術諮詢和能力培訓。
全球衛生研究室
全球重大健康問題與挑戰研究；
世界主要國家衛生系統與衛生體制改革的比較研究；
衛生髮展援助與衛生髮展合作研究；
全球衛生治理與中國的國家策略；
中國衛生改革與發展經驗總結傳播。
衛生髮展戰略研究室
全球衛生髮展戰略研究；
中國衛生髮展戰略研究；
中國現階段醫藥衛生體制改革走向與策略研究；
中國現階段醫藥衛生體制改革各領域走向與策略研究。
衛生經濟信息研究室
衛生髮展領域相關信息情報研究；
衛生經濟領域數據管理及數據挖掘研究；
衛生經濟領域信息化相關技術和政策研究；
中心文獻、出版物編輯；
為中心科研提供信息技術支持。
知識交流與傳播研究室
中心對外傳播影響力評估及研究；
科研人員媒體素養能力提升研究；
醫療衛生政策大眾傳播效果分析研究；
婦幼衛生政策研究；
衛生服務體系建設與管理研究；
傳播實踐領域工作。
綜合處
主要承擔中心的各項組織協調工作；負責綜合性檔案的起草及重要會議和大型活動的組織安排；負責財務、黨務、人事、勞資、外事、接待、聯絡、後勤、保衛、保密、檔案、計畫生育和老幹部管理等工作。
科教處
負責中心內部科研管理、組織課題申請、成果與人員報獎、中心學術交流會、專家管理、合作單位管理、科研信息統計報送、送閱件報送等工作。同時也是中心博士後工作站管理辦公室和中國衛生經濟網路執委會辦公室。
財務處
管理中心財會工作，統一組織和管理中心的經濟活動。主要負責合理編制中心預算，並對預算執行過程進行控制和管理；科學使用中心資源，努力節約支出，提高資金使用效益；加強中心資產管理，防止國有資產流失，提高資產使用效益和經營效益；建立健全中心財務規章制度，規範中心經濟秩序；如實反映中心財務狀況，及時提供財務信息，為中心領導科學決策提供依據；對中心經濟生活的合法性、合理性進行監督。
附設機構
新型農村合作醫療研究中心
在國家衛生計生委基層衛生司和財務司的領導下，承擔全國新農合的監督、檢查和評估，業務指導與培訓，信息管理與信息化建設，諮詢、投訴與稽查，開展調查和理論研究、總結推廣經驗，以及科研、國際交流與合作等項職責。
中國衛生經濟培訓與研究網路執委會
中國衛生經濟培訓與研究網路1991年由衛生部和世界銀行經濟發展學院合作成立。網路成員單位25個，觀察員單位6個，他們分布在中國13個省份。“網路”成員單位包括：國家衛生計生委衛生髮展研究中心、北京醫科大學、上海醫科大學、華西醫科大學、同濟醫科大學、哈爾濱醫科大學、西安醫科大學、山東醫科大學、湖南醫科大學、大連醫科大學、中國衛生經濟雜誌社和北京中醫藥大學等。“網路”的主要功能有：培訓中國各級政府的衛生管理官員；培訓中國衛生經濟學與衛生管理學師資；研究衛生經濟與管理政策，提供決策建議和開展衛生經濟與管理的諮詢服務。
中國衛生經濟學會秘書處
中國衛生經濟學會是1983年經民政部批准成立的全國性學術團體。在全國31個省、自治區、直轄市的衛生經濟學會是本學會的團體會員。學會下設8個分支機構，現有會員4000餘人。學會下設8各分支機構，現有會員4000餘人。學會主辦期刊有：《中國衛生經濟》、《國外醫學衛生經濟分冊》、《中國衛生資源》及《中國衛生軟科學》。2009年學會成功舉辦第七屆國際衛生經濟大會（iHEA）。
中國衛生髮展論壇
中國衛生髮展論壇由國家衛生計生委衛生髮展研究中心和英國發展研究所（IDS, UK）聯合建立，旨在協助決策者、研究者和衛生管理者開展溝通和交流活動。該論壇根據需要舉辦國際研討會、短期培訓、諮詢性培訓及其他小規模活動。通過這些會議和活動，研究者和決策者可以探討衛生問題並提出政策建議。
