中心簡介
國家文物局水下文化遺產保護中心2012年6月13日，根據中央編辦復字[2012]119號的批覆，同意在中國文化遺產研究院加掛“國家文物局水下文化遺產保護中心”牌子，負責組織實施全國水下文化遺產調查、發掘、研究和保護等工作。新成立的國家文物局水下文化遺產保護中心（以下簡稱“水下中心”）在原中國文化遺產研究院國家水下文化遺產保護中心的基礎上，人員、機構進一步得到擴大、多學科綜合保護特色進一步得到突顯、技術設備力量進一步得到提升，表明了國家大力發展水下文化遺產保護事業的決心，是國家對水下文化遺產保護事業進行統籌規劃、管理的重要載體，也將是實現我國水下文化遺產保護事業跨越式發展的主要力量。
水下中心下設綜合研究部、水下考古部、設備與技術保障部、出水文物科學保護實驗室等部門，共有科研人員數十人，並先後在寧波、青島、武漢、福建等地設立國家水下文化遺產保護基地，其中寧波基地已進入建造階段，預計將於2013年建設完畢，2014年投入使用。
在國家文物局的指導下，水下中心組織編寫了《國家水下文化遺產保護“十二五”規劃》，作為未來五年的行業綱領性檔案，逐步形成國家主導、地方參與，以沿海海域為主、適當兼顧內陸水域的水下文化遺產保護新格局。
組織編寫了《水下考古操作規程》，總結訂製可行的操作規程，較詳細的規定了水下考古作業各個環節的作業標準，促進了我國水下文化遺產保護工作的科學化、規範化。
參與了1989年《中華人民共和國水下文物保護管理條例》修訂工作，結合我國水下文化遺產保護工作的新形勢與新需求，進行了針對性的調研並提供了若干修訂意見。
中心年會
國家文物局水下文化遺產保護中心2013年年會在中國文化遺產研究院召開。來自國家文物局、中國文化遺產研究院、國家文物局水下文化遺產保護中心（以下簡稱水下中心）、國家博物館以及各相關省市的領導、專家50餘人出席會議。國家文物局童明康副局長發表重要講話。
童明康首先對工作給予充分肯定。他說，2012年是我國水下文化遺產保護事業蓬勃發展的一年，法制和規章制度建設取得新進展，多部委合作聯動機制進一步加強，國家重點項目成績顯著，社會各界對水下文化遺產保護的關注度不斷提升，機構建設取得實質性進展。各項工作穩步推進，成果豐碩，成績斐然。他就水下考古和水下文化遺產保護工作談了幾點意見：第一，服從大局，形成合力，牢固樹立“全國一盤棋”的工作思路；第二，依靠科技，突出學術，不斷提升水下考古工作質量；第三，明確任務，落實責任，穩紮穩打做好2013年各項工作。
水下中心、國家博物館、廣東省文物考古研究所等單位就“南澳1號”沉船發掘等項目進行了重點匯報。與會代表圍繞2012年我國水下考古的新進展和2013年全國水下考古工作計畫展開了熱烈討論，並達成若干共識。
北海基地
2018年11月6日，位於青島市即墨區“藍色矽谷”的國家文物局水下文化遺產保護中心北海基地正式啟用。北海基地將作為集水下考古調查、勘探、發掘、保護、展示、研究、學術交流、人才培養於一體，統籌黃渤海海域，面向全國乃至世界的國家級水下文化遺產保護基地，將引領與推動黃渤海海域的水下文化遺產保護。同時，探索完善我國水下文化遺產保護工作管理模式，促進水下文化遺產保護事業的發展。
2019年2月25日，在位於山東青島的國家文物局水下文化遺產保護中心北海基地，嘉賓為“山東大學教學科研基地”揭牌。
