從內容上來講，商業漫畫由於必須顧及知識財產權，成本回收，以及市場需求等問題，在題材及內容上往往會要求有一定程度的獨創性，並需經過編輯的篩選，除了在畫工及編劇上要有一定的水準外，還必須符合該雜誌的風格走向等等。一部漫畫必須經過重重的考驗，才有可能被登在商業漫畫志上，而在這過程中，漫畫家往往得作出相當多的妥協，例如修改劇情，刪去漫畫家原本想表達的某種意念，或者迎合讀者及市場的喜好，增加某些劇情等等，由於受到現實層面的限制，商業漫畫家往往無法完全自由地表現自己真正想畫的東西。
但是同人誌則不同，由於同人作家不需經過出版社出書，也不須考慮到雜誌風格或是市場喜好等限制，故可以自由自在地畫自己想畫的東西。另一方面，雖然一些同人作家在畫技及編劇整體上的功力尚不足以成為商業志漫畫家，但是在他們的同人誌里某些地方的創意或是獨特的表現手法，仍然具有相當大的可看性，而某些改編性質的作品也往往是在商業漫畫上所無法看到的，因此，從自由度來講，同人誌可以說是擁有比商業漫畫更廣闊的一片天空，但相對的，由尺銷售通路少的結果，同人作家往往是在賠本出書，但是他們對於畫畫和作品的熱情，卻能支持他們繼續畫下去。
商業漫畫隨著國內相關扶植政策的出台後，中國商業市場上越來越多的企業、個人致力於商業動漫的發展，尤其上海動漫公司，北京動漫公司和深圳動漫公司作為國內商業動漫製作的先驅，在動漫的商業化進程中取得了顯著地進展。其中三地動漫製作也有各自特點，北京地區動漫製作公司多為文化藝術類別，偏向文化類動漫、上海地區動漫製作公司是以商業動漫，卡通套用，產品動漫系統策劃為主要方向、深圳地區動漫公司則是以延伸產品作為基礎，跟去產品的需要設計卡通形象及相關延伸。
