收藏有如宋本《東觀餘論》、明刻本《王文成公全書》等。王羲之《蘭亭序》帖二百種,又名“二百蘭亭齋”。
編撰有《二罍軒所藏經籍》一冊,錄其所收稿本、書畫、字帖。今美國國會圖書館藏明隆慶間刻本《王文成公全書》有其藏書印。著《兩罍軒彝器圖釋》12卷、《二百蘭亭齋金石記》、《古官印考》6卷、《考印漫存》9卷、《虢季子盤考》、《漢建安弩機考》、《華山碑考》各1卷、《焦山志》16卷等。
輯《二百蘭亭齋古銅印存》十二冊十二卷,婺源戴行之、嘉興汪嵐坡主其事。吳氏自序,何紹基題簽,收錄印數計一千零五方。
吳氏於同治三年《二百蘭亭齋古印考藏》自序云:「余幼嗜金石文字,及長聞見稍廣,搜羅益力,三代彝器而外所得秦漢魏晉古印千餘紐,輯有《二百蘭亭齋古銅印存》十二卷,官私並列,未系考醳,歐陽公所謂足吾所好而已。」
光緒二年《二百蘭亭齋古銅印存自序》云:「是年(同治三年)婺源戴行之、嘉興汪嵐坡同寓余齋,二君皆善鐵筆,謂官印篆文優絀互見,終不逮私印之工,欲為治印津梁,莫若官私並存,庶足以資師法。余韙其言,即屬二君任其事,分次十二捲成《古銅印存》二十部。」
藏書印有“二罍軒”、“二百蘭亭齋鑑藏”、“延陵平齋鑑藏經籍金石書畫之章”、“吳雲平齋曾讀過”、“金石壽世之居”、“吳雲字少青號平齋晚號退廬”、“吳雲平齋”、“平齋藏書之印”、“歸安吳氏二百蘭亭齋鑑藏圖書”“吳雲平齋曾讀過”、“延陵平齋鑑藏經籍金石書畫之章”、“吳雲字少青號平齋晚號退樓”、“金石壽世之居”等。
吳昌碩曾訪其蘇州寓所,觀賞吳雲珍藏。
同治年間,寓居上海縣城內四牌樓,以賣書畫治印為生。俞樾《春在堂隨筆》載:“同治八年夏四月,范湖居士周閒,退樓主人吳雲重刻板橋潤例於滬上。此後范湖、退樓書畫潤筆,皆準板橋所定,即以此貼仿單,不復增減。”
光緒四年,任預畫《吳平齋合家歡圖》。