人物生平
早年討叛
吳興祚原籍浙江山陰。父親名吳執忠，在禮親王代善的幕府里效力，被授為頭等護衛。順治五年（1648年），吳興祚自貢生被授為江西萍鄉知縣。當時金聲桓在江西反叛，郡縣多被他占據，唯獨萍鄉因為早有準備而免遭戰禍。後來吳興祚因事被罷官，不久因為守御有功而復官，被授為山西大寧知縣，很快遷移為山東沂州知州。
當時白蓮教聚集在一起為禍，吳興祚派人前去解說啟發。後來又因事被降補江南無錫知縣。當時縣裡的銀庫虧空嚴重，更換了很多任官都沒能補齊虧空，即使是罷官免職也不能達到目的。吳興祚到了之後，為那些官員請求豁免，欠庫銀的人拿出自己的私人財產補齊虧空。然後他清丈全縣田畝，分別編號繪圖，根據田地的數量徵稅。糧戶將田地寄在享有優免徭役的官吏、紳衿名下，以逃避賦役的方法都不能用了。縣裡的徭役未能均勻分配，導致下層民眾徭役繁重。吳興祚用進入官府的田租雇用雇役，民眾的問題被解決了。遇到大災之年，吳興祚就施粥給災民。當時八旗兵駐防蘇州，吳興祚向領兵固山額真請求，自己單槍匹馬彈壓災亂。有的兵士搶奪民眾的雞，吳興祚立即處以鞭刑，使得他們都相安無事。河水漲溢，士兵不能從塘上行走，吳興祚在塘旁立下許多竹竿，在上面懸掛燈在夜間照路，使得士兵通行無阻。
康熙十三年（1674年），吳興祚遷移為行人（官職），但仍留任知縣事務，後因為漕運總督帥顏保薦，吳興祚越級被提拔為福建按察使。當時福建有一個名叫朱統錩的人，號稱明朝皇族後裔，耿精忠私自授予他敉遠將軍。康熙十五年（1676年）耿精忠再次降清之後，朱統錩自稱“宜春王”，占據貴溪為亂。吳興祚率領輕騎到達光澤，收撫他的大將陳龍等，並且派遣降將陽自歸做為內應，令陳龍作為嚮導率領大軍殺入，朱統錩的大將馮珩等人將他捆綁，率兵三千投降清朝。
防衛台海
康熙十七年（1678年），吳興祚被提升為福建巡撫。當時鄭經盤踞台灣為亂，派遣他的驍將劉國軒等攻陷漳州、泉州等管轄的州縣，又圍困泉州。吳興祚率一標兵馬自興化前去救援，到了仙遊的時候，鄭經的將領黃球等率領二千人並且勾結當地土寇一萬餘人屯駐在白鴿嶺。吳興祚分兵三道，親自率領中路與敵軍作戰，自辰時一直到酉時，兩軍相持不退。吳興祚遣兵自偏僻的小路搶奪白鴿嶺關口，斬級六百，墮岸溺水而死的人非常多，敵軍敗走，追逐殘軍直到嶺頭灣，攻克永春、德化二縣。劉國軒自泉州敗走，以數百艘巨艦出沒於赤嶼、黃崎等處。吳興祚派遣總兵林賢等人統率水師出海，分三路夾攻劉國軒，焚毀了敵艦六十多艘，俘斬六千多人。上書向朝廷奏捷，並說：“鄭氏逆賊逼犯漳、泉等地，大軍由陸路進發，進軍非常困難。臣之前招募水兵，一戰即破賊，但兵力還是稍稍微薄，所以沒有輕取廈門。若再得水師二萬人，再添造戰船，就可直搗鄭軍巢穴。”康熙下詔準許他的建議。
康熙十八年（1679年），劉國軒率兵二千到了郭塘、歐溪頭，想要切斷江東橋以犯長泰，吳興祚與都統吉勒塔布、總督姚啟聖合軍一處將劉國軒擊走。吳興祚遣驛傳道王國泰等招降鄭經的大將蔡沖琱、林忠等三百八十五人，士兵一萬二千五百人，遷走了難民一千二百人，並取得戰船六十七艘。因為他的軍功，進位正一品。
康熙十九年（1680年），吳興祚上疏說：“鄭經盤踞廈門，沿海生靈都受其荼毒。臣去年冬天新造了戰船，水師提督萬正色分配將士，自閩安出發去海中操練。等到舊的戰船修葺完整，江南炮手齊集之後，就馬上相機進取廈門。”二月，萬正色的大軍進至海壇，吳興祚自泉州與寧海將軍拉哈達、總兵王英等人一起去同安，攻克了汭洲、潯尾等關隘。進而渡海作戰，拉哈達出中路，王英出右路，吳興祚出左路，與鄭軍大戰之後擊潰了鄭軍，攻克了廈門。當時萬正色已攻取海壇，招降了鄭經的將領朱天貴等，又遣兵攻取金門，其餘的鄭經全都跑到了台灣。康熙帝聽聞捷報之後，下詔嘉獎。吳興祚請求留澳民在福建防守，蠲免荒田人民的租糧，減少關課。萬正色也請求在海澄、廈門等地分兵駐守。康熙命侍郎溫岱到福建與他們商議這件事。溫岱到了之後，姚啟聖與溫岱說是萬正色攻克海壇，吳興祚與台灣朱天貴有約在先然後進兵，並沒有殺賊攻城之事。溫岱回到京師之後，兵部依據他的說法，將吳興祚定為冒功，康熙帝下令仍然商議優敘，授予他喇布勒哈番世職兼拖沙喇哈番。
總督兩廣
康熙二十年（1681年），吳興祚又被提升為兩廣總督。吳興祚剛剛上任，就上書說尚之信在廣東橫征苛斂，廣東人民受其害數十年。鹽埠、渡稅、稅總店、漁課等要害，全都上奏請求免除。自從清廷遷界禁海的命令下達之後，廣東沿海的居民大多失業，吳興祚上書請求開海，讓人民捕采耕種。康熙派遣尚書杜臻、內閣學士石柱前去與吳興祚一起巡歷規畫，廣東兵民都得到了好處。隨後他又說潮州的海域非常大，商民往來貿易之時，怕有小人藏匿起來，應令澄海協達濠營水汛官兵的船隻改歸南澳水師管轄，與碣石鎮互相聯絡，巡防外海的島嶼，康熙下令準許他的建議。
康熙二十四年（1685年），他上書請求在廣東、廣西二省設爐鑄造錢幣，給事中錢晉錫、御史王君上疏彈劾吳興祚虛報冒充鑄造的錢幣，朝廷將他議罪，清廷命他以副都統的身份留用。
西征病死
康熙三十一年（1692年），吳興祚被授為歸化城右翼漢軍副都統，很快因罪被降級。康熙三十五年（1696年），康熙帝親征噶爾丹，吳興祚原本在坐沙克舒爾塘效力，後來命他自呼坦和碩到達寧夏安十三塘，不久，吳興祚就恢復了原來的官職。
西征回京之後，吳興祚在康熙三十六年（1697年）逝世。
主要成就
政治方面
吳興祚到無錫縣做知縣上任時，無錫縣問題成堆。無錫縣的土地，由於好久沒有清丈，豪紳大戶家幾乎都占有不向國家交納稅糧的田地，積弊很深。無錫農民因稅收勞役過重，有的家破，有的逃亡。吳興祚到任後，立即開始清丈全縣土地，對土地進行繪圖、編號，發放地契，因田徵稅，並告知農民，這田地是人去世後不要歸還的，世代承耕的永業田。吳興祚經過清丈土地，農民的稅役減輕了，收入增加了，勞動的積極性也提高了，樂業後而安居，無錫縣農村一時沒有了農民家破逃亡的事情發生。
軍事方面
吳興祚在防衛福建免遭台灣鄭氏入侵方面都很大建樹，還在晚年跟隨康熙出征噶爾丹。康熙十四年（1675年）四月，經漕運總督帥顏保薦，超擢福建按察使。輕騎至光澤，招撫耿精忠部將陳龍等，遣降將蔡淑歸為內應，命陳龍率部前入，部將馮珩等縛朱統錩，率兵三千以降。康熙十七年（1678年），晉封為福建巡撫，率部屢敗台灣鄭經的軍隊，招降鄭經的大將蔡沖琱、林忠等385人，兵12500人，救難民1200人，得舟67艘，迫使鄭經餘部退回台灣。後擢兩廣總督（1682年2月1日至1689年8月8日），上任後上疏言前督尚之信在廣東橫征苛斂，奏請罷除鹽埠、渡稅、漁科等苛捐雜稅，又奏請允開海禁。康熙三十五年（1696年），康熙帝親征噶爾丹，吳興祚隨帝效力，不久，叛亂平定。
人物評價
《清史稿》：①吳興祚為政持大體，除煩苛，卒後遠近戴之。歷官之地，並籥祀名宦。②台灣平，琅專其功。然啟聖、興祚經營規畫，戡定諸郡縣。
吳秉鈞《風流棒·序》：（吳興祚）多閱吳越間老伶師奏伎，洋洋盈耳，知為風雅之遺。
徐承烈《越中雜識·中卷》：吳興祚好“接交遊，海內名士嘗聘致署中，暇則詩文觴詠，往往傾篋贈之。”
蕭一山：張勇、趙良棟、王進寶、孫思克奮於陝；蔡毓榮、徐治都、萬正色奮於楚；楊捷、施琅、姚啟聖、吳興祚奮於閩；李之芳奮於浙；傅宏烈奮於粵；群策群力，敵愾同讎。
嚴迪昌：吳興祚梁溪任上，以至後來為閩撫、為粵督，幕下多詞人，是溝通吳越及嶺南詞風的一個媒介人物。
個人作品
吳興祚平生工詩文，擅音律。著作有《宋元詩聲律選》、《史遷句解》、《粵東輿圖》等。 《古文觀止》的最終審定和序言均為時任歸化右翼漢軍都統吳興祚。
人物軼事
推廣崑曲
在崑曲誕生百餘年的傳承中，兩廣總督吳興祚起到了重要的橋樑作用。13年無錫知縣，吳興祚對崑曲產生了濃厚的興趣，開始融入江南崑曲文化生態中。8年兩廣總督，大力倡導推廣崑曲，其總督府成為崑曲從江南到嶺南的傳播集散中心，兩廣總督府特殊的文化環境，使得崑曲在嶺南得到迅速傳播。
家族成員
父親：吳執忠
史籍記載
《清史稿·卷二百六十·列傳四十七》
