1956年9月,淑仲出任晉江專區第一醫院中醫科主任。1960年2月晉升為中醫主任醫師。1963年入選省首批名老中醫,並一直工作至病逝。
淑仲對中醫理論頗有鑽研,臨床經驗豐富,對溫熱病的診治有獨到之處,療效良好。他根據中醫溫病學的衛、氣、營、血辨證,結合臨床經驗,潛心研究防治乙型腦炎的發生和發展規律,擬出15首方劑,並預製成湯藥和藥丸。1955年,泉州市區乙型腦膜炎流行嚴重,他套用"清瘟敗毒飲"治療10例患者,治癒率100%。而當時西醫藥療法,病死率在17%~18%。1956年,他被推選赴北京參加全國衛生會議,並應邀到河北省石家莊參加乙型腦炎會診工作,獲得很好療效。1958年,他配製"腦炎合劑",制定"乙腦協定處方",對治療乙型腦炎,既高效又方便,使這一棘手的疾病有了完全不同的治療方法,其後遺症降至20%左右,有效地保護兒童身體健康。此外,淑仲對麻疹、腮腺炎、阿米巴痢疾,也摸索出一套較完整的中醫療法。他研製的"腮腺炎合劑"、"鉤端合劑"、"茵陳清肝湯"等,均取得良好療效。
由於吳淑仲在繼承發揚祖國醫藥學方面貢獻突出,1955年以來,他歷任泉州市政協委員;1958年衛生部授予他獎狀和銀質獎章,福建省衛生廳授予他榮譽獎及獎章;1959年被泉州市委、市人委授予社會主義建設先進工作者稱號。
1984年1月29日,淑仲因病逝世。
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