出謀獻策
任中，吳朴積極為其出謀獻策。安南既平，林希元為讒言所害，降官貶謫。吳朴也“功竟弗錄”，更坎坷的是回詔安後又遭誣陷，致“以他事下獄”。於是，吳朴憤而著書。他鍥而不捨，居然在獄中完成八卷巨著《龍飛紀略》。林希元在《龍飛紀略·序》中云：“吳子生長遐荒，糟糠不厭，仍能窮討旁搜，著為是記，良亦難矣。”《龍飛紀略》一書詳記“南海傍海諸國，磧外如西域大小部落，塞外如遼東興和、大寧、東勝，極徼國邑，海陸道路，遠近順逆，亦悉加考證”。對外邦各國，該書又詳記其土產、資源。書中，吳朴還不改初衷，依然提出暢開外貿的遠見卓識。該書於吳朴生前已付梓，北京圖書館、日本東洋文庫及法國遠東博古學院均有珍藏。
吳樸重要著作
嘉靖十六年（1537年），吳樸重要著作問世，此即中國第一部刻印水路簿《渡海方程》。該書對鄭和七下西洋航海記錄和民間水路簿加以整理、考證，詳述海中諸國道里之數，及各地可供泊舟和不可泊之情況。《渡海方程》付印後被輾轉傳抄，又被改為《海道針經》、《鄭和航海圖》等多種書名。後又被顧炎武《天下郡國利病書》所輯錄，對當時和後代的海上交通起了相當的作用。該書中文手稿今收藏於英國牛津大學波德林圖書館。吳朴平生著作尚有《皇明大事記》、《醫齒問難》、《九邊圖要》、《東南海外諸夷》、《復大寧河套諸計畫》和《校補三國志》等，但多散失。
