民國23年(1934)3月,被新加坡殖民政府逮捕並驅逐出境。回到上海後,他找到中共地下組織,並分配到滬中區任區委宣傳委員,在區反帝大同盟委員會工作。民國24年(1935)冬,因叛徒出賣被國民黨政府逮捕判刑8年(此時改名吳榮光)。民國27年(1938),國共合作無條件釋放政治犯,吳釋放後由蘇州又回到上海找到組織,並擔任上海正大、月明兩個難民收容所主任。民國28年(1939)8月,吳世昌被指派前往皖南參加新四軍(此時改名曹伯健),任教導總隊供管科員。民國30年(1941)皖南事變被俘關押在上饒集中營。次年夏,參加赤石暴動突圍後,在武夷山找到中共閩北特委,重新恢復黨籍。由於當時國民黨軍隊多次對武夷山根據地進行“圍剿”,在糧盡彈絕、極端困難的情況下,經集體討論決定化裝突圍。同年9月下旬,部隊化整為零,組成一個5人小組,在突圍後路經邵武曬口村時,由於偽保長告密小組成員全部逮捕,移送縣監獄。後經邵武同鄉會用二千元錢賄賂縣法官獲保釋,出獄後到橋頭鄉同鄉家中,經大家討論和黨小組研究決定,吳世昌留在邵武橋頭鄉秘密開展革命活動。此後,由於鬥爭環境險惡,黨組織轉移頻繁,中斷組織關係。吳世昌在找不到組織的情況下,遂於民國35年冬到拿口蕉坑村入贅落戶務農。
新中國成立後,他先後擔任過大、小隊會計、出納、保管員和公社磚瓦廠會計等職。1952年開始,他多次向地方黨組織反映自己的革命經歷,要求恢復黨籍和安排工作,但由於“左”的思想干擾,問題遲遲沒有得到解決。1968年病逝,時年59歲。吳世昌恢復黨籍問題,於1986年經中共中央組織部批覆得到落實,中共邵武市委為他召開了追悼會。