2004年，利用國債和政府匹配資金，共耗資1100萬元，建築面積7734平方米、功能齊全的辦公大樓落成。其中實驗室面積1900平方米，設有生物2級實驗室3間，百級和萬級淨化實驗室各5間。設備有高效液相色譜儀、氣象色譜儀、原子吸收光譜儀、美國BD流氏細胞儀、凝膠成像系統、伯樂定量PCR、義大利螢光酶標鑒定儀、生物安全櫃等253台（套），其中10萬元以上26台（套）。目前，檢驗能力按照國家要求A級（必須開展的檢驗項目）已達到93%，B級（根據當地特點和需要開展的檢驗項目）已達到63%。
吉林市疾病預防控制中心承擔著全市450萬人口的傳染病、地方病、慢性非傳染性疾病、學生常見病的預防控制以及消毒、病媒生物防治，食品、化妝品、涉水產品、一次性衛生用品等與百姓健康密切相關的生活用品的衛生學檢測評價，從業人員健康體檢、全市衛生防病信息的統計、分析、上報等預防醫學領域各項工作以及公共衛生突發事件的處理，全市性重大活動的公共衛生保障的技術支持工作。2003年和2008年我中心先後兩次順利通過了省級計量認證和實驗室認可複審。
9年來，吉林市疾控中心在上級黨委、政府和衛生行政部門的領導下，在上級業務部門的指導下，在各相關部門的積極支持下，認真踐行“三個代表”重要思想，以科學發展觀為指導，以改革為動力，堅持以人為本，開拓進取，深化改革，強化管理，不斷增強社會衛生服務功能，拓寬社會衛生服務領域，各項工作取得了令人矚目的成績。黨的建設、精神文明建設、職業道德和行風建設、制度建設和業務建設不斷加強，職工綜合素質不斷提升，精神面貌煥然一新，服務態度不斷改善，服務質量不斷提高，有力地推動了全市疾控事業的快速發展。建立健全了突發公共衛生事件應急處理機制，及時有效地控制了重大傳染病的暴發流行，為保護全市人民的健康和社會經濟發展做出了重要貢獻。在省衛生廳和省疾控中心考核中，連年被評為全省疾控工作先進單位、目標管理優勝單位；愛滋病防治工作多次受到世界衛生組織和聯合國愛滋病防治規劃署專家的讚揚；免疫規劃工作在全國處領先位置；檢驗工作達到國家要求水平。特別是在抗擊非典戰役中，受到了國家督導組、省市委和政府以及衛生行政部門的嘉獎。
在2008年“5·12”汶川地震抗震救災中，吉林市疾控中心被省衛生廳評為先進單位，中心派出的赴四川抗震救災防疫隊集體及所有隊員都分別受到了省委、省政府、省衛生廳和市委宣傳部的表彰。第二援建小分隊一行9人，於6月29日---10月2日到四川省阿壩州黑水縣援助災區重建。3個月中他們共為當地學校、醫院、居民點以及外環境消殺12萬多平方米，發放衛生知識宣傳單1.2萬餘份，投放大骨節病治療用藥516份，按農村飲用水標準對當地飲用水檢測60件、1140項，舉辦了8個專題業務培訓，參加培訓280人。完成了《黑水縣疾控中心災後三年重建規劃》、《2008年疾病控制工作對口援建總體規劃》等8個專業工作計畫，為推進當地疾控中心建設奠定了基礎。受到了四川省衛生廳、黑水縣委、縣政府、黑水縣衛生局以及當地民眾的一致好評。
在全國疾控中心建設項目及各項疾控工作都受到了衛生部前部長高強的讚許。疾控中心建設受還連續被評為省、市精神文明建設先進單位，被市委評為全市共產黨員先進性教育活動優秀組織單位，被市委宣傳部評為優秀領導班子，被市“創爭”活動領導小組評為全市“創爭”活動示範單位，被市總工會評為模範職工之家、五星級職代會，被省總工會評為全省文教系統先進工會。8年來湧現出了一大批全國、省、市、區、局各級各類先進工作者、三八紅旗手和勞動模範等等。
目前，吉林市疾控中心正以黨的十七屆六中全會精神和全國“兩會”精神為指導，認真學習實踐科學發展觀，堅持發展有新思路，改革有新突破，工作有新局面，創新有新舉措的原則，進一步解放思想，轉變觀念，抓住機遇，開創全市疾病預防控制工作的新局面，推進疾病預防控制工作躍上新的台階，為實現全市經濟總量的再翻番，確保社會和諧和人民健康，作出新的更大的貢獻！
