合作市經濟貿易委員會、合作市政府國有資產監督管理委員會主要職能：調節全市工業經濟運行，負責工業行業規劃指導全市工業結構調整，組織實施減輕企業負擔，研究企業技術政策指導企業技術創新和重大技術裝備開發研製工作，指導和推動技術創新機制的建立及產學研聯合，組織實施名牌戰略。根據市人民政府授權，依照《中華人民共和國公司法》、《企業國有資產監督管理暫行條例》等法律法規，履行出資人職責，指導和推進國有企業改革和重組；對所監管國有資產的保值增值進行監督，加強國有資產的管理工作；推進國有企業的現代企業制度建設，完善公司管理結構；推動國有經濟結構和布局的戰略性調整。主管全市國內外貿易和國際經濟技術合作，履行市人民政府對全市市場經濟調節、監管，商貿行業管理和服務的政府工作部門。
合作市鄉鎮企業管理局主要職能：
（一）貫徹和執行國家和省、州關於發展鄉鎮企業的方針、政策和法律、法規；按照《鄉鎮企業法》、《鄉村集體所有制企業條例》，負責對全市鄉村集體企業、農村民營企業、個體私營企業以及合資、合夥、合作、股份制等其他混合所有制企業的積極扶持、合理規劃、分類指導、依法管理；實施規劃、指導、管理、協調、監督和服務。（二）依法行政，切實保護鄉鎮企業合法權益，規範鄉鎮企業行為，對經依法登記設立的鄉鎮企業和鄉鎮企業改變名稱、住所或者分立、合併、停業、終止等辦理登記備案。（三）負責制定全市鄉鎮企業發展目標、中長期發展規劃、年度發展計畫，負責全市鄉鎮企業數據統計、經濟運行分析、生產經營調度；會同有關部門負責建設項目的審查、論證、上報和立項審批、項目管理；負責鄉鎮企業建設資金的爭取、銜接、協調工作。 （四）負責指導鄉鎮企業調整產業、產品結構和企業布局，協調資源的合理配置和有效開發、利用，協調有關部門轉移農牧村剩餘勞動力就業。（五）負責組織、協調、指導鄉鎮企業開展區域合作及企業之間經濟技術合作，開展招商引資；組織實施鄉鎮企業東西合作示範工程，指導鄉鎮企業示範區建設和小區建設及管理工作。（六）負責指導鄉鎮企業開展科技進步、技術改造、企業管理，為企業提供經濟、技術諮詢和信息服務，提高企業經營管理水平。（七）負責對鄉鎮企業產品質量、標準計量工作進行指導、監督、檢測和管理，推進全市鄉鎮企業產品標準化工作。（八）負責協調、監督、指導鄉鎮企業安全生產、勞動保護、環境保護、節能降耗工作。（九）負責、指導、監督、檢查全市鄉鎮企業系統財務管理、財務統計、內部審計和資產評估工作；會同有關部門管理縣級鄉鎮企業發展基金。（十）負責鄉鎮企業思想政治工作，指導全市鄉鎮企業精神文明和企業文化建設，培養、評選、申報、教育和管理鄉鎮企業家；負責先進鄉鎮企業的評選、審核、申報工作，促進鄉鎮企業物質文明和精神文明建設。（十一）協調工會、勞動、社保等部門開展鄉鎮企業工會、養老保險、勞動契約爭議仲裁等工作。（十二）辦理市委、市政府及州鄉鎮企業局交辦的其他事項。
