機構設定
南通出入境檢驗檢疫局內設有14個職能處室；3個事業單位；下轄如皋出入境檢驗檢疫局、啟東辦事處、南通港辦事處、出口加工區辦事處。全局共有正式工作人員179人,其中大專以上152人，占全局職工總數的85%。
檢驗檢疫
本局檢測實力雄厚，具備對農畜、食品、化工、機電、家電、輕工、紡織、服裝、紡織原料等多種大類商品的質量檢測能力；具備對進出口商品的數量、重量、包裝、殘損鑑定和外商投資財產價值鑑定的能力；具備動植物檢疫、衛生檢疫能力；具備對出入境人員傳染病監測和動植物疫病檢測的能力。
為提高管理水平，本局按ISO9001－2000版標準建立質量管理和質量保證體系，並已通過評審認證。
領導班子
南通檢驗檢疫局黨組書記、局長
刁彩華
主持全面工作，主管人事科、財務科工作。
南通檢驗檢疫局黨組成員、副局長、管理者代表
冉俊祥
分管動檢科、植檢科、綜合科（含體系工作）、檢務科、檢驗檢疫協會工作。
南通檢驗檢疫局黨組成員、如皋出入境檢驗檢疫局局長
邵亞平
主持如皋局全面工作，分管衛檢科（保健中心）、基建辦工作，協管財務科工作。
南通檢驗檢疫局黨組成員、副局長
袁建國
分管食檢科、認證監管科、綜合技術中心工作。
南通檢驗檢疫局黨組成員、副局長
季遠全
分管輕紡科、機電化礦科、開發區辦事處、啟東辦事處工作，協管人事科工作。
南通檢驗檢疫局黨組成員、紀檢組長
姜朝陽
分管監察室、政工科、機關黨委、工會、辦公室（含行政執法）、服務中心工作。
南通檢驗檢疫局黨組成員、南通港辦事處主任
王震
主持南通港辦事處工作、分管商檢公司、CQC江蘇南通辦事處工作。
所在地址
地址：南通市崇川路102號
