辦學歷史
組織機構2002年，南京醫科大學藥學院成立。
2004年9月，學院江蘇省基因藥物技術中心成立。
2005年，學院獲得藥學一級學科碩士學位授予權。
2007年，學院藥學綜合實驗教學示範中心被確定為首批中央和地方高校共建實驗室，獲建設經費80萬元。
2008年7月，學院化學系成立。
2009年，學院經批准設立了藥學一級學科博士後科研流動站，藥學綜合實驗教學示範中心獲批為江蘇省藥學綜合實驗教學示範中心建設點。8月，學院臨床藥學系成立，以藥學院和一附院藥學部為主體，同時依託二附院、附屬兒童醫院、附屬逸夫醫院、附屬腦科醫院等其它教學基地聯合辦學。
2010年，學院獲得藥學一級學科博士學位授予權與碩士專業學位授予權。
2012年8月，學院整體搬遷至江寧校區。
南京醫科大學藥學院江蘇省心腦血管藥物重點實驗室2016年12月，學院江蘇省心腦血管藥物重點實驗室成立。
辦學條件
院系設定
截至2018年10月，學院設有5個學系（臨床藥學系、臨床藥理學系、藥物化學系、藥物分析學系、化學系），2個本科專業。
| 專業名稱 | 學制 | 授予學位 |
| 臨床藥學 | 5 | 醫學學士 |
| 藥學 | 4 | 理學學士 |
| 資料來源： | ||
師資力量
截至2018年10月，學院有教職員工86人，其中專任教師62人，實驗室技術人員14人，專職行政管理人員10人。教師中正副教授36人，博導15人、碩導37人，另有兼職教授26人，有國家“百千萬”人才1人、國家優秀青年基金獲得者2人、江蘇省傑出青年基金獲得者2人、江蘇省“333工程”培養對象5人、江蘇省“青藍工程”培養對象3人等。
| 序號 | 項目名稱 | 名單 |
| 1 | 國家百千萬人才工程 | 季勇 |
| 2 | 國家優秀青年科學基金獲得者 | 羅春霞、陳芸 |
| 3 | 江蘇省“六大人才高峰”創新團隊 | 季勇 |
| 4 | 江蘇省“六大人才高峰”培養對象 | 季勇、朱東亞、都述虎、陳芸、劉妍、辛洪亮 |
| 5 | 江蘇省“333”工程培養對象 | 季勇、陳芸、劉妍、羅春霞、辛洪亮 |
| 6 | 江蘇省“青藍工程”高層次人才 | 羅春霞、周其岡、辛洪亮 |
| 7 | 江蘇省傑出青年科學基金獲得者 | 羅春霞、劉妍 |
| 8 | 江蘇省雙創人才 | 劉妍、洪俊麗、辛洪亮 |
| 9 | 江蘇省特聘醫學專家 | 陳宏山 |
| 10 | 江蘇省特聘教授 | 陳宏山 |
| 資料來源： | ||
教學建設
教學活動截至2018年10月，學院有江蘇省特色專業1個， 江蘇省實驗教學示範中心1個，南京醫科大學精品課程2門，南京醫科大學人才培養模式創新實驗基地立項建設點1個。2013年，學院項目“以培養創新意識，提高崗位勝任能力為導向的藥學實踐教學硏究與體系建設獲”獲江蘇省教學成果獎二等獎。
江蘇省特色專業：臨床藥學（徐群為，2012年）
江蘇省實驗教學示範中心：江蘇省藥學實驗教學示範中心 （周學敏，2009年）
南京醫科大學人才培養模式創新實驗基地立項建設點：具有中國特色的臨床藥學本科人才培養模式創新實驗基地（徐群為，2010年）
南京醫科大學精品課程：《分析化學》、《基礎化學》
學科建設
截至2018年10月，學院有博士後科研流動站1個，一級學科博士學位授予權1個，一級學科碩士學位授予權1個，專業學位授權類別1個；國家重點學科1個，江蘇省一級學科重點學科1個，校級重點學科2個。
博士後科研流動站：藥學
•學位授予
一級學科博士學位授予權：藥學（含二級學科藥物化學，藥劑學，生藥學，藥物分析學，微生物與生化藥學，藥理學、臨床藥學
一級學科碩士學位授予權：藥學（含二級學科藥物化學，藥劑學，生藥學，藥物分析學，微生物與生化藥學，藥理學）
專業碩士學位授予權：藥學
•重點學科
國家重點學科：藥理學
江蘇省一級學科重點學科：藥學
校級重點學科：藥物分析學、藥物化學
學術研究
科研平台
截至2018年10月，學院有1個研究所，2個江蘇省級重點實驗室，江蘇省“六大人才高峰”創新團隊2個。
江蘇省級重點實驗室：江蘇省心腦血管藥物重點實驗室、江蘇省基因藥物技術中心
研究所：幹細胞與神經再生研究所
科研成果
•科研綜述
截至2018年10月，學院承擔新藥創製科技重大專項、國家自然科學基金重點項目、重大研究計畫項目、優秀青年基金、省自然科學基金重點項目、省傑出青年科學基金在內的重大研究20餘項，國家自然科學基金面上及青年基金年均7-10項；發表SCI論文年均50餘篇，篇均IF為3.0以上；授權的國內專利年均10項；獲教育部自然科學獎一等獎1項、二等獎1項，江蘇省科技獎一等獎2項。
•項目承擔
2018年，學院獲10項國家自然科學基金項目資助，其中面上項目4項，青年科學基金項目5項， 以及季勇教授的國際（地區）合作與交流項目1項；總資助額直接費用為585萬元。
•科研獲獎
2016年12月，學院季勇教授團隊“心血管病干預靶點及治療策略研究”項目獲得教育部高校科學研究優秀成果自然科學獎一等獎。
2017年，學院朱東亞教授團隊完成的“重大神經精神疾病的藥物新靶標研究”項目獲江蘇省科學技術獎一等獎，季勇教授團隊完成的“基於心血管病干預靶點的基礎與臨床研究”項目獲江蘇省科學技術獎一等獎，都述虎教授等人完成的“芯-殼型分子印記材料設計合成及其對中藥藥效物質快速富集與分析”項目獲江蘇中醫藥科學技術獎二等獎。
文化傳統
•院訓
精誠於人，精心於藥
釋義：精誠，指真心誠意，至誠，語出《莊子·漁父》：“真者，精誠之至也，不精不誠，不能動人。”體現了藥院人對事業忠誠、對社會誠信、對患者真誠，樹立“以人為本”的觀念，奉獻愛心、耐心、細心與責任心。
精心，指用心，專心。語出《漢書·董仲舒傳》：“子大夫其精心致思，朕垂聽而問焉。”精，精湛、嚴謹、精益求精。體現了藥院人精研專業，勤勤懇懇，善於思考，注重科研技術創新，不斷提高業務水平。
“精誠於人，精心於藥”的院訓，展現了藥學院人術德雙修，以博大的情懷和精湛的技藝服務社會，推動醫藥衛生事業發展，為人類生命健康造福。
•院徽
院徽釋義：1.色彩：以綠色為基本色，寓意健康和生命，白色為底色，代表醫藥衛生事業的高尚純潔。
2.圖形：整體構成多為圓或圓環，暗合中國傳統天圓地方思想，符合國人審美傳統。
3.圖案：圖案元素主要有膠囊、蛇杖、麒麟、中英文字等，體現了中西合璧理念。其中兩個膠囊交叉成心形，膠囊體現藥學元素，心形寓意為團結和諧，既藥學院是一個溫馨、友愛的大家庭，心形也寓意為責任，這顆綠色的心表達了藥學人對專業的熱愛、對生命、健康的無限追求。蛇杖和麒麟整體脫胎於學校校徽，表明院徽與校徽一脈相承，其中“蛇杖”寓意醫學，“辟邪”為南京標誌動物，是圖案的地域元素。
4.文字：中文為“南京醫科大學藥學院”，醒目，字型色澤明快，“Nanjing Medical University School of Pharmacy”為中文對應英譯，體現學院發展的國際化視野。
學院領導
現任領導
黨委書記：江寧玉
院長：韓峰
黨委副書記副院長：段振東
副院長：陳芸、胡琴
歷任領導
歷任院長及任職時間：
胡剛 2002年6月——2004年7月
朱東亞 2004年7月——2015年12月
季勇 2015年12月——2018年2月
歷任黨委（總支）書記及任職時間：
沈良斌 2003年7月——2007年12月
周琴 2007年12月——2012年9月
