第二臨床醫學院是集教學、科研和醫療為一體的教學單位，具有很強的教學實力。師資力量雄厚，目前，全院共有教職工78人，其中具有高級職稱教師27人（教授11人，副教授16人），占教師總數34.6%；現有“333”工程培養人選1人，江蘇省特聘教授1人，江蘇省“青藍工程”學術帶頭人1人，“青藍工程”骨幹教師5人。 現有博士生導師8名，碩士生導師13名。業已形成一支業務水平過硬，職稱比例適當、年齡梯隊合理的高素質師資隊伍。
主要承擔針灸推拿、中醫美容、運動醫療保健、營養與食療、中西醫結合康復等本科生專業課程的教學工作，以及承擔本院的博、碩士研究生、輔修、進修生、跨院系課程共90餘門。是針灸推拿專業的碩士點、博士點、博士後流動站及康復醫學與理療學碩士點。多年來為國內外培養了大批本科生、研究生（碩士生、博士生）等各層次針灸、推拿及養生康復專業人才。
第二臨床醫學院是在針灸推拿重點學科的基礎上發展起來的。本學科點始建於1955年，在中科院學部委員、針灸現代教育創始人承淡安校長的帶領下，成立了國內第一家針灸專科醫院。主編了全國高等醫學院校首版《針灸學》教材。1957年，著名針灸學家邱茂良教授開針灸現代研究之先河，主持針灸治療傳染性疾病的臨床研究，其成果《針灸治療急、慢性細菌性痢疾的臨床研究》獲首屆全國科技大會乙等獎。
由於如此的歷史傳統和深厚的專業底蘊，幾經數代人的努力，針灸學科從85年起就被確認為省級重點學科，1989年曾成為江蘇省屬高校中唯一的國家級重點學科， 1994年針灸學實驗室成為江蘇省首批省級重點實驗室之一，1995年國家人事部在本學科設立博士後流動站，2000年針灸學重點實驗室通過國家中醫藥管理局三級科研實驗室驗收。2001年被評為國家中醫藥管理局針灸學重點學科建設單位和江蘇省重點學科，目前，2004年成立的針藥結合實驗室又被江蘇省教育廳確認為國家級重點實驗室培育點。而局級重點學科建設更於2005年5月已通過國家中醫藥管理局中期檢查。
多年來第二臨床醫學院以針灸重點學科為龍頭，不斷拓寬專業方向，在人材培養、教材建設、師資培養、文獻整理、臨床醫療、科學研究及外事教學等方面做出了顯著成績，處於國際、國內的領先地位。
長期工作中，為了更好地適應知識經濟時代的發展需要，培養更具有中國文化底蘊、擁有現代科技發展的知識結構、具有創新與發展的外向型、複合型人才，第二臨床醫學院開展了全面的教學改革，對課程設定和教學方法進行了一系列大膽的構想與實踐，目前已形成了一定規模的針灸推拿、中醫營養與食療、中醫養生康復教學優勢和特色。
教學管理方面，結合針灸推拿、中醫美容、運動醫療保健、營養與食療、中西醫結合康復學等教學實踐性強的特點，一方面抓好教材建設，重視直觀化、形象化教學，注意引入先進的多媒體教學手段。一方面注重基礎教學，為學生早臨床、多臨床做了大量工作，教學和實習醫院逐漸完善和規範化。現有臨床見習、實習基地（醫院）80餘所。使學生5年的臨床總見習、實習時間達18個月。
學生工作方面，學院一直以培養和造就素質高、能力強、層次優的學生為目標，積極探索教書育人的新思路、新方法，立足制度創新、方法創新、活動內容和形式創新，有效實施學生教育、管理和服務工作。基於該院專業技能性強的特點，確立並貫徹“驅浮戒躁、苦練內功，提升專業素養，提高專業技能”的學生工作指導思想，努力營造“‘推’陳出新、‘針’創一流、 與‘食’俱進、‘康’‘健’完‘美’”的二臨文化。
學院發展過程中，一貫重視科研與開發工作。學院針灸研究所下設的分子生物學研究室、電生理研究室、組織形態研究室、生物化學研究室、同位素室和針灸臨床研究室等，具有較為完備的研究設施，承擔多項國家級、省級科研課題，是省內最大的針灸研究機構和國內為數不多的開放性針灸實驗室。
近三年承擔了國家自然科學基金項目、部局級、和省廳級科研課題40餘項。獲省部級科技進步獎三項。尤其是部分針灸臨床研究方面在國內外處於領先地位。其中針灸減肥、針灸治療中風、針灸治療慢性萎縮性胃炎、針灸治療糖尿病、老年顫證、骨質疏鬆的臨床及實驗研究以及針灸延緩衰老等科研項目，均處於國內先進水平。
數十年來，第二臨床醫學院除學生工作、科學研究等工作取得了很大的成績外，教學成果更是豐碩：為我國第一至第五版統編教材《針灸學》的主編單位，衛生部21世紀新教材《針灸學》（人民衛生出版社）主編單位，規劃教材《刺法灸法學》、《推拿手法學》以及新世紀規劃教材《針灸治療學》、《實驗針灸學》、《中醫養生學》、《推拿手法學》、《中醫藥膳學》的主編單位和副主編單位。
《針灸學》課程為江蘇省級一類優秀課程；《刺法灸法學》課程為江蘇省級二類優秀課程；《實驗針灸學》和《養生康復學概論》為校級優秀課程；《推拿學》獲校優秀課程群稱號；《針灸學》課程群獲江蘇省優秀課程群稱號，並在被學校確定為“國家精品課程”建設課程的基礎上，經兩年多的建設和改革，2005年又被學校推薦申報國家教育部精品課程；而針灸推拿專業更被江蘇省教育廳確認為省級特色專業建設點。
另外，據不完全統計，自1982年以來，全院教職工在國際和國家級各類學術刊物發表論文500餘篇、出版著作100餘部。其中承擔了20餘部全國性教材的編寫工作、出版了2套面向21世紀的針灸、推拿學自編教材以及出版針灸推拿多媒體教學光碟多部。
在國內，第二臨床醫學院還承擔了省教育廳下達，面向社會的針灸推拿培訓的非學歷教育，並配合學校外事部門，承擔了各種長、短期外國進修生、研究生的針灸推拿專業課教學。為學校創收和國內外人才培養做出了貢獻。
五十年代末期，學科點開始接收留學人員，並於1983年成為首批世界衛生組織傳統醫學合作中心及國際針灸培訓中心，至今已為90個國家和地區培養了7000多名針推專業人才。
由於針灸推拿是中醫走向世界的排頭兵，所以，在南京中醫藥大學國際合作和對外交流方面，第二臨床醫學院同樣扮演著極為重要的角色，是南京中醫藥大學對外交流的重要視窗。近十多年來，該院針灸、推拿、養康、氣功等方面的數拾名專家學者被先後派往新加坡、泰國、義大利、日本、墨西哥、加拿大、韓國、德國、瑞士、英國、美國及香港、澳門、台灣等地開展教學、醫療和合作科研等學術交流，取得了圓滿的成功。同時，經常接待來訪的各國醫學界同行和專家而國際交流與合作的結果，也為第二臨床醫學院教師隊伍中培養了大批的專業外語人才，目前許多老師已具備了用英語、日語、德語進行學術交流的能力。
隨著“十五”規劃的落實和“十一五”規劃的制訂，新一屆第二臨床醫學院領導率領全院師生正在抓住仙林新校區建設和發展的契機，借國家教育部對南京中醫藥大學本科教學水平評估的東風，以飽滿的工作熱情，奮力拚搏，開拓創新，創造著更加輝煌的業績。
“十一五”期間，該院在學科建設方面，還將以針灸推拿重點學科建設為龍頭，帶動其他學科建設工作。針灸推拿重點學科更將進一步做好國家中醫藥管理局局級重點學科建設單位和江蘇省高校國家級重點實驗室培育點（針藥結合實驗室）的建設，使之成為本學科領域國內領先的科研、教學、臨床和國際交流基地。
“十一五”期間，該院在專業建設方面，還將在進一步在穩固原有辦學規模基礎上，加強內涵建設，最佳化辦學結構，提高辦學質量和效益，著重以提高教學質量為先導，以加強專業建設為重點，主動適應經濟全球化和社會主義市場經濟的要求，理順關係、強化管理、解放思想、開拓進取。切實做好針灸推拿專業省級高校特色專業建設點的建設，並輻射到其他專業。到“十一五”期末把該院建設成為全國針灸推拿、中醫康復、美容等專業人才培養的重要場所，針灸推拿學與其他學科協調發展的基層單位，為學校全局工作做出應有的貢獻。
