位置
該站地處北京市海淀區清華西路，北鄰圓明園遺址公園，位於圓明園遺址公園南門西南側，正覺寺門前，南鄰北京大學，車站沿清華西路呈大致東西向布置。
結構
站台
圓明園站站內立體圖圓明園站的站台位於地下二層，屬於島式站台，設有全高安全門。列車的左側車門將會打開。衛生間在站台的最西段。
站廳
圓明園站有互通式整體站廳，處於地下一層的位置。車站的三個出口位於站台兩端。站內總共6台具備一卡通充值功能的自動售票機，2台北京市政交通一卡通查詢器，另有人工售票服務，客務中心位於站廳正中間。站廳設定了兩台中國工商銀行ATM和兩台中國郵政儲蓄銀行ATM。站內沒有自動售貨機。
裝飾
圓明園站文化牆圓明園站是4號線的重點站，裝修風格體現緊鄰的圓明園遺址公園地區特色，站廳北側牆壁上裝飾圓明園內大水法遺蹟的石材浮雕作為文化牆，浮雕上標註有圓明園歷史上建園、燒園、毀園三個紀年以及圓明園四十景內容介紹。站台立柱上裝飾殘缺狀牆磚。
出入口
該站共有3個出站口：A西北口、B東北口、C東南口。
首末車時間
開往安河橋北：5:52-23:52
開往天宮院：5:06-22:26（全程）-22:51（終點站公益西橋）
公交換乘
圓明園南門站：
331路（新街口豁口-香山）、432路（天通北苑-西苑樞紐站）、438路（西直門-永豐站）、498路（中央黨校北門-新街口豁口）、508路（頤和園-捷運新街口站）、579路（頤和園-杏壇路南口）、594路（頤和園北宮門-望京橋西）、601路（頤和園北宮門-和平東橋）、664路（捷運蘋果園站-捷運西二旗站）、394路（北京西站-韓家川南站）、、特19路（北京西站-西苑樞紐站）、運通124線（金莊-廂白旗橋）
遠期規劃
遠期規劃的北京捷運15號線二期自北沙灘站起，經過清華東路西口站和圓明園站，到達西苑交通樞紐，屆時圓明園站亦將成為4號線與15號線的換乘站。然而該規劃會使捷運下穿清華大學，影響校內實驗室精密設備，而遭到清華大學的反對。2011年，北京市批覆了北沙灘站至清華東路西口站的施工方案，然而包括圓明園站在內的清華東路西口站以西的捷運走向尚無定論。
臨近車站
| 下行 | 線路 | 上行 |
| 開往天宮院站 （下一站：北京大學東門站） 距離1295米 | 4號線 | 開往安河橋北站 （下一站：西苑站） 距離1672米 |
