醫院設有四個普通精神疾病臨床科室，可收治各類急慢性精神疾病患者，特色科室有老年病房、康復中心。康復中心開設了音樂治療、健身、書畫等多種康復項目。多年以來，醫院堅持以患者為中心，提供優質的醫療服務，以保證醫療安全為基礎，強化質量管理為重心，全面提高醫療護理水平。醫院還針對慢性精神疾病患者的特點開展心理治療、行為治療和各種工娛治療，取得了良好效果。
醫院的精神醫學司法鑑定科是北京市市政府指定的四家鑑定機構之一。自1987年成立以來，遵循“依法、科學、客觀、公正”的原則，以科學的態度、精湛的業務為辦案單位提供服務，現已完成精神醫學司法鑑定4000餘例。
北京市安康醫院戒毒中心成立於1995年，是北京市最大的藥物依賴治療機構。10年來，中心發展成為了一所擁有1個管教科、4個戒毒科、8個戒毒區、1個向日葵治療社區，1個美沙酮維持治療門診，1000張床位的特大型戒毒所。中心在提供規範的藥物脫毒治療的同時，還開展愛滋病高危人群干預和多種心理康復治療，對戒毒者進行法制教育和毒品危害教育，並對回歸社區的戒毒者開展心理和家庭干預。2003年11月中心借鑑外國先進戒毒理念，結合我國實際情況，建立了向日葵治療社區。社區以集體及個別心理治療為基礎，以每日的早會、情感碰撞小組、對質小組、藝術情感小組、舞會及各種技能學習小組等形式進行各種活動，充實了居住者的精神生活，讓其學會對自己的行為負責任，重新找回責任心、自信心以及對生活的熱愛。2004年11月底北京市美沙酮維持治療第一門診部在中心市區分部（宣武區小紅廟南里6號）開診，為符合規定的海洛因吸食者免費發放美沙酮。現在中心的診療範圍已逐步從北京擴展到除西藏以外的全國各省、自治區、直轄市。截止2004年10月，中心已對13603名藥物依賴者實施了治療。其工作得到了國家、北京市有關部門、各級領導及藥物依賴領域專家的一致好評，緬甸、泰國、巴西、美國、香港、澳門等國外及地區相關部門、專家也對中心的工作給予了高度評價。
