職能
北京邊檢總站機關設辦公室、政治處、督察處、後勤處、業務處和技術處。機關直屬單位設培訓中心、技術保障隊、服務中心和門診部。下轄北京鐵路西客站出入境邊防檢查站、邊防檢查一隊、邊防檢查二隊、邊防檢查三隊、邊防檢查四隊、特殊勤務檢查隊和遣返審查所。負責首都國際機場、北京鐵路西客站火車站的出入境邊防檢查及北京周邊機場的臨時出入境邊防檢查任務。
北京邊檢總站為維護國家主權、安全和社會秩序，履行下列職責：
（一）對出境、入境的人員及其行李物品、交通運輸工具及其載運的貨物實施邊防檢查；
（二）按照國家有關規定對出境、入境的交通運輸工具進行監護；
（三）對口岸的限定區域進行警戒，維護出境、入境秩序；
（四）執行主管機關賦予的和其他法律、行政法規規定的任務。
發展簡介
北京邊檢總站的，它伴隨著新中國的成立而誕生。，公安部邊防局組建了歸其建制領導的北京邊防公安檢查站。1952年7月，改稱“中華人民共和國北京邊防檢查站”。50年代至60年代中期，北京邊防檢查站先後隸屬公安軍司令部、北京公安總隊司令部領導。1966年，公安部隊番號撤銷，其所屬建制和任務全部移交人民解放軍，北京邊防檢查站隸屬北京衛戍區警衛二師司令部領導。 1973年全國邊防改制為人民武裝警察，北京邊防檢查站先後隸屬北京市公安局、公安部邊防保衛總局領導。1983年6月北京邊防檢查站由公安部邊防保衛總局移交北京市公安局，成立北京首都機場安全檢查警衛部，納入武警北京總隊序列。1985年9月，成立北京市公安局邊防局，直接歸北京市公安局領導。1988年5月，北京市公安局邊防局和北京邊防檢查站實行局站合一體制，對內稱北京市公安局邊防局，對外稱北京邊防檢查站。 1998年1月1日，根據《國務院關於北京等九城市實行邊防檢查職業化改革試點方案的批覆》（國函〔1997〕76號），在北京市公安局邊防局基礎上，成立中華人民共和國北京出入境邊防檢查總站。
隨著國家改革開放和經濟建設的深入發展，北京口岸出入境邊防檢查業務量高幅增長，口岸偷渡與反偷渡、控制與反控制的鬥爭日益複雜和激烈。北京邊檢總站黨委牢記重要戰略機遇期公安機關承擔的三大政治和社會責任，帶領廣大民警堅決貫徹黨的路線方針政策和部、局黨委的指示決議，牢固樹立首都意識、國門意識、改革意識，努力增強維護國家安全與政治穩定、服務經濟社會發展的能力，形成了“團結、堅定、勤奮、求實”的優良站風，為改革開放與經濟建設做出了積極貢獻。
2007年全國邊防檢查工作會議以來，北京邊檢總站堅決貫徹部、局黨委要求，堅持以提高邊檢服務水平為中心，堅持通關效率，堅持嚴密管控，大力推進服務理念、專業素質、職業精神“三大支柱”建設，努力樹立 “文明國家視窗”的良好形象，各項工作不斷取得新進步，贏得了社會各界的廣泛讚譽。
中華人民共和國北京出入境邊防檢查總站，是公安部直屬的副局級單位,受公安部出入境管理局直接領導。內設辦公室、政治處、督察處、後勤處、業務處、技術處等機關部門，下轄北京西客站出入境邊防檢查站和4個邊防檢查隊、1個遣返審查所等基層單位。
北京出入境邊防檢查機關設立於1951年5月，50多年來，經歷了多次管理體制變革。1998年，根據國務院有關批覆精神，北京邊檢機關由現役制改制為職業制，成立北京出入境邊防檢查總站。不論管理體制如何變化，北京出入境邊防檢查總站肩負的職責始終沒有改變，依法履行對北京口岸出、入境人員及其行李物品、交通運輸工具及其載運的貨物實施邊防檢查，對出、入境交通運輸工具進行監護，對口岸限定區域進行警戒，維護出境、入境秩序，執行主管機關賦予的和其他法律法規規定的任務等職責。
在全面建設小康社會的新時期，北京出入境邊防檢查總站堅持以建設“文明國家視窗”和打造“”為目標，規範管理，嚴明紀律，文明執勤，依法行政，出色地完成了黨和國家領導出訪、外國元首政府首腦訪華、第十一屆亞運會、聯合國第四次世界婦女大會、中非合作論談北京峰會等重大活動的出入境邊防檢查任務，為維護國家主權、安全，維護正常的出入境秩序做出了重要貢獻，隊伍中湧現出全國優秀人民警察、北京市文明標兵、新長征突擊手等一大批先進典型。2005年，北京出入境邊防檢查總站在全球航協組織的服務質量測評中，被譽為拉動機場整體服務質量的“龍頭”單位。
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2017年8月19日，北京出入境邊防檢查總站在首都國際機場啟用，“智慧型驗證台”和“出境自助通道旅客航班號自助採集系統”，中國公民出行時將護照和登機牌在此掃描後，即可通過自助通道出入境，整個過程僅需20秒左右。
