職能調整
（一）劃出職能
在宜林地區以植樹、種草等生物措施防治水土流失的政府職能，交由市林業局承擔。
（二）劃入的職能
原市地礦局承擔的地下水行政管理職能交由水務局承擔，有關開採礦泉水、地熱水的管理職責分工按中編辦發（1998）14號檔案規定執行。
（三）轉變的職能
按照國家和自治區的資源與環境保護的法律法規和標準，擬定水資源保護規劃、組織水功能區劃分，監測江河湖庫的水質，審定水域納污能力，提出限制排污總量的意見，並將有關數據和情況通報市環境保護局。
主要職責
（一）貫徹執行國家和自治區有關水利工作的方針政策及法律法規，研究擬定全市水務工作的政策法規、發展戰略和中長期規劃，並組織實施和監督。
（二）統一管理全市範圍內的水資源（含空中水、地表水、地下水）；管理全市水源地、河道、供水工作；組織國民經濟總體規劃、城市規劃及重大建設項目中有關水資源、給水和防洪除澇、抗旱等項目的論證工作；組織實施取水許可制度和徵收水資源費；組織、指導水政監察和水行政執法；協調並仲裁部門間和旗、縣間的水事糾紛。發布包頭市水資源公報；指導全市水文工作。
（三）貫徹執行國家節約用水的政策和標準，編制包頭市節約用水規劃，組織、指導和監督全市節約用水工作。負責監督城市采水和管網輸水、用戶用水的節約用水工作。
（四）承擔市防汛抗旱總指揮部的日常工作，對河流、山溝、水庫和重要水利工程實施防汛調度。
（五）負責城市供水水源建設、水環境保護等城市水務工作。按照國家資源與環境保護的有關法律法規和標準，擬定水資源保護規劃；組織水功能區劃分，檢測河道水域的水量、水質，審定水域納污能力，提出限制排污總量的意見，發放排污許可證。
（六）擬定水行業的經濟調節措施，對水行業各項資金的使用進行巨觀調節；對水利綜合經營實行行業管理；研究提出有關水利的價格、財務等經濟調節意見。
（七）編制、審查水行業基建項目建議書和可行性研究報告，負責制定水行業科技政策；監督實施國家水行業技術質量標準、水規程和水規範，並組織研究和推廣。
（八）負責全市河道、水庫、河口灘涂等水域（包括人工水道、行洪區、蓄洪區、滯洪區）及其岸線的管理與保護；對全市水利工程和工程建設實行行業管理；負責組織建設和管理具有控制性的或跨旗、縣、區的重要水利工程。負責水庫、河流、山溝水利工程的安全監管；組織指導轄區內河流、水域的治理開發。
（九）組織指導農村牧區水利工作；組織協調農田草牧場水利基本建設、鄉鎮供水和農村改水、節水工作。
（十）組織全市水土流失治理工作；研究制定水土保持的工程措施規劃；組織水土流失的監測和綜合防治。
（十一）負責市水利科技、教育及地區之間技術合作；指導全市水務隊伍的建設。
（十二）承辦市人民政府和自治區水利廳交辦的其它事項。
內設機構
根據上述職責，市水務局內設9個職能科（室）：
（一）辦公室
協助局領導處理機關日常工作，協調機關政務工作；負責會議的組織、綜合材料的起草和機關文秘、信息、調研、信訪、督查督辦、檔案管理、計畫生育、法制和社會治安綜合治理、保密及外事工作；負責機關財務管理工作；負責局機關的車輛、文印打字、接待、衛生等後勤事務管理；承辦機關公用設施、財產的管理使用和供水、供電、供暖的管理。
（二）政工科
負責局機關及所屬單位的黨務、群團、精神文明建設、人事、機構編制、離退休幹部管理等工作；負責編制水利科技教育發展規劃並組織實施。
（三）計畫財務科
擬訂水務工作中長期規劃和年度計畫並監督實施；負責基建項目的立項審核和報批工作；指導全市水行業產業發展、多種經營和財務、統計、審計工作；負責局管各類資金的計畫、分配與監督檢查，負責局系統國有資產的管理工作。
（四）水政水資源科（包頭市節約用水辦公室）
組織起草地方性水務法規和實施細則並監督執行；負責並承辦水資源統一規劃、管理和保護工作；制定全市計畫用水、節約用水和城市供水水源規劃；負責城市水政監察和水政執法，監督指導旗縣區水政執法、水資源管理工作；組織實施取水許可制度和水資源費徵收制度；組織水功能區劃分。
（五）公用事業管理科
依據國民經濟發展計畫和城市總體規劃，編制城市給水行業規劃；統一管理城市給水和供水水源地；協調水行業的排水企事業單位的經營管理工作；審定水域納污能力，發布城市供水公報和水質年報。
（六）建設與管理科
貫徹執行國家關於管理和保護河道、水庫等水域、河堤的規章制度、技術標準、擬定包頭市相關制度和標準，並監督實施；負責水工程設施、水域及其岸線的管理與保護；組織轄區內河流、水域的治理開發，辦理跨界河流的對外協調；組織建設和管理具有控制性的跨旗縣區的重要水工程；負責水工程的質量監察和安全管理，組織重點水利工程的招標、投資及建設和驗收。
（七）水利水保科
貫徹執行國家關於農村牧區水利工作的方針政策；制定農牧區發展規劃及有關規範和標準並組織實施；組織、指導、協調農村牧區農田草牧場水利基本建設、鄉鎮供水、人畜飲水、防病改水、農村牧區節水灌溉、水土保持、水土流失治理及水利社會化服務體系建設與管理工作；組織擬定大型國管灌區規劃；組織農村牧區科技推廣工作，指導農田草牧場水利工程管理制度改革。
（八）市防汛抗旱指揮部辦公室
承辦市防汛抗旱指揮部的日常工作。
（九）紀檢委（監察室）
負責局機關及所屬單位的紀律檢查和行政監察等工作。
四、人員編制和領導職數
包頭市水務局機關行政編制為26名（包括包頭市防汛抗旱指揮部辦公室）。其中：縣級領導職數4名（1正、3副，含紀檢委書記）；科級領導職數14名（9正，含機關黨組織副書記；5副）。撤消水務局機關事務服務中心後，另核定市水務局機關工勤人員編制5名。
現任領導
局長：周志剛
