簡介
2003年時落成的第五代函館車站新大樓車站結構
行政上，函館車站位於北海道渡島支廳函館市若松町的範圍內。
函館車站是個擁有4個島式月台、8條鐵路路線的地上車站。雖然曾經一度有過最大6月台11線的路線配置，但在修築第五代的車站大樓時為了取得站體建築用地而將原本的第一與第二號線撤除，並將原本的第三第四號線易名第一第二號線，依此類推。所有行駛於函館本線、江差線與海峽線上的列車如欲通過函館車站，都需采由五棱郭車站方向駛入函館車站停靠，然後再倒退回五棱郭車站的折返式（switchback）行車方式。與大部分的端點式車站同樣，函館車站的月台與車站大樓之間並不需要靠天橋或地下道的方式連結，而是采全平面的方式配置，旅客進出非常便利。
通過路線與鄰近車站
北海道旅客鐵道
函館車站的夜間景致函館車站(H75)-五棱郭車站(H74)
江差線
（函館車站）-五棱郭車站
註：江差線的理論起點其實是隔鄰的五棱郭車站。但為了方便旅客接駁，江差線上的列車仍然會駛入函館車站，而成為其實質上的起點車站。
海峽線（津輕海峽線）
（五棱郭車站）-（函館車站）
註：函館車站實際上並不位於津輕海峽線沿線，但所有行駛於該路線上的列車，都會在行駛通過江差線之後，以函館作為北端終點站。由於函館車站是封閉的端點式車站，列車欲進入函館車站一定得通過隔鄰的五棱郭車站，因此兩車站之間並沒有一定的上下行關係。有別於函館本線是以函館作為起點朝道央地區的方向延伸，函館是下行方向的起點站（全日本的列車上下行是以東京車站的方向為基準，東京車站以東以北地區，往東往北稱為下行，反之稱為上行），對於以青森車站作為下行方向起始站的海峽線來說，函館車站反而是下行方向的終點站。
函館市交通局函館市電
函館市電在函館車站廣場正前方的大街上設有電車站牌，車站名函館車站前車站（函館駅前駅）。
位於棒二森屋旁的月台設定使用LED的電車接近顯示器。
2003年7月曾進行車站全面翻新，包括興建有蓋月台及殘障人士無障礙設施。
2004年進行道岔及渡線的翻新，並且使用與湯之川、駒場車庫前及五棱郭公園前相同的德國制物料作為替換。
大森線
松風町站-函館車站前車站
本線
函館車站前車站-市役所前站
歷史
停靠在月台上的函館本線特急，超級北斗號。1904年7月1日-鐵道路線延長至車站現址，並在此處開設新的函館車站，而原本的舊函館車站則改名為龜田車站。
1911年8月29日-龜田車站廢站。
函館車站成為青函聯絡船的北海道側進出門戶。作為函館本線的起點站，函館車站長年一直都是北海道地區運行的各列車在計算營業里程的基準車站。
1915年6月16日-為了接駁青函聯絡船，在與函館站還有一段距離的聯絡船靠岸處附近設定了假乘降場（臨時乘降場），命名為函館碼頭（函館桟橋），以方便聯絡船接駁列車的停靠，但在車資計算上則視同與函館車站為同一站。
1930年10月1日-函館碼頭假乘降場與函館車站統合。
1938年1月18日-第三代車站建築因為大火全毀。
1942年12月20日-第四代車站大樓新建完工。
1987年4月1日-伴隨日本國鐵分割民營化，函館車站的所有權與營運權改由JR北海道繼承。
1988年3月13日-伴隨青函隧道的開通，青函聯絡船也停止營運。
2003年6月21日-第五代車站大樓正式啟用。
未來計畫：
2015年-配合北海道新幹線的啟用，JR北海道預計在北斗市境內、目前渡島大野車站所在的位置設定新函館車站。北海道新幹線在新青森車站～新函館車站間148.8公里長的路段自2005年起就開始施工，並計畫在2015年末之前完工。
