中央
丞相
西晉初年不設丞相，八王之亂後才又置丞相，一般由諸王或權力很大的士族擔任。丞相位高權重，《宋書·百官志》說：“自魏晉以來，非復人臣之位矣。”丞相之下，有所謂的“八公”，即太宰、太傅、太保、太尉、司徒、司空、大司馬、大將軍，由諸王或世家大族充任。八公之下，又有“位從公”之名，始於曹魏。凡開府儀同三司者都是位從公。開府指開設府第，設官建署。儀同三司，指儀仗同於太尉、司徒、司空。多加給各種名號的將軍和光祿大夫，前者是武官位從公，後者是文官位從公。
三省
晉朝最重要的機構是尚書台、中書省、門下省。尚書台，也叫尚書省，魏晉以來並用，直到南朝後期才固定稱省。晉朝尚書台組織比東漢、曹魏時候更加嚴密。公卿權重者錄尚書事。尚書令為首，尚書僕射為副。尚書令、僕射辦公處稱都座，有左、右丞。左丞負責尚書台內部禁令及庶務。右丞負責庫藏廬舍及遠道文書奏章。都座以下有列曹尚書，初設有吏部、三公、客曹、駕部、屯田、度支六曹，後改吏部、殿中、五兵、田曹、度支、左民六曹。東晉則設吏部、五兵、左民、度支、祠部五曹。尚書下有三十五曹郎(尚書郎)。東晉時只設十五曹郎。從組織構成上可以看出，尚書省是朝廷內外、中央地方各項政務的集匯處。尚書台轉為處理行政事務的機構，中書省就成為機要之司，地位日漸重要。中書省設中書監、令。其下有中書侍郎、中書通事舍人。《通典·中書令》說：“魏晉以下，中書監、令掌贊詔命，記會時事，典作文書，以其地在樞近，多承寵任，是以人因其位，謂之鳳凰池焉。”說明遵照皇帝的旨意製作詔令是中書省的主要職責。《晉書·荀勖[xu序]傳》記，西晉時荀勖任中書監24年，專管機密，後改任尚書令。有人向他祝賀，他生氣地回答：“奪我鳳凰池，有什麼值得慶賀的！”可見中書省所受皇帝寵任和實際上的權力已經超過了尚書台。晉朝中書監、令大多出自高門華閥，常由三公兼任。如東晉時候領中書監的三公有王導、庾亮、謝安、劉裕等人，都是當時朝中握有實權的尊官。門下省由東漢的侍中寺演化而來。前文已述，曹魏的時候已有“門下”之名，西晉正式稱門下省。門下省是皇帝的近侍顧問機構，凡涉及到重要的政令和軍國大事，皇帝一般都要向門下省諮詢。此外，門下省有“駁奏”之權，即尚書台奏事在呈報皇帝前，須先經門下省審閱，門下省如有不同意見，可以進行論駁，或另擬方案，與尚書台奏事同呈皇帝定奪。東晉時門下省又有“駁詔”之權，即詔書在下受詔者之前，先下門下省審核，如有不妥，門下省可提出建議，或不下發，或改詔再發。門下省長官為侍中，下有給事黃門侍郎、散騎常侍、給事中、散騎侍郎等官。三省各有分工，彼此制衡，是繼宰相制度之後，輔政形式的一個重大變化。
列卿
兩晉仍設有列卿，但朝中庶政總領於尚書台，地位明顯下降，職務也有所並省。西晉時候無中尉。東晉時候不設衛尉、光祿勛，大鴻臚、太僕、將作大匠也不常設定。御史台仍以中丞為主官，“督司百僚”(《晉書·傅玄傳於鹹附傳》)。晉武帝時，又把謁者台併入御史台。西晉仍以宗室、外戚為奉車都尉、駙馬都尉、騎都尉。東晉僅存尚公主者為駙馬都尉。
宮職中，太后三卿、皇后卿的設定與曹魏時相同。惟太后三卿的地位不同於曹魏，而與東漢相同。晉武帝時候設太子官，以太子太傅、少傅領之。以後又有師保、詹事等官的設定，但省置不常。屬官有中庶子、中舍人、食官令、庶子、舍人、洗馬、秘書、左右衛率、家令、仆等。
地方
地方上實行分封制和州郡縣制。晉初，分封皇族27人為諸侯王。王國有大、中、小三等。大國有民20000戶，軍隊5000人；中國有民10000戶，軍隊3000人；小國有民5000戶，軍隊1500人。各王國可以自辟文武官屬，長官稱內史，職如太守。西晉沿用漢魏舊制，置司隸校尉統司州，監察京師和所轄各郡。東晉建都於建康(今南京市)，以揚州刺史代司隸校尉。司州之外各州設刺史，郡設太守(京師所在郡稱尹)，縣設令、長。州郡長官通常是一身二任，軍民兩政，渾然不分。絕大多數州的刺史，乃至郡守，往往帶有都督、將軍的稱號。他們既握兵符，又管民政；既有州郡佐官，又設將軍幕府，文武僚佐，縱橫捭闔[baihe擺盒]。東晉時候，中原士族及其部曲南遷，在江南重置州郡縣，即稱僑州、僑郡、僑縣。
西晉封爵除王外，有公、侯、伯、子、男、鄉侯、亭侯、關內侯、關中侯、關外侯等名號。職官等級則品與石混用。俸祿以斛(谷)、匹(絹)、斤(綿)並計。
