侯寬仁畢業於輔仁大學法律學系,司法院司法官訓練所第26期結業,曾任桃園地檢署、台北地檢署檢察官。他曾辦過幾件在台灣受到矚目的案件,如健康幼稚園火燒車事件、周人參電玩弊案、太極門養小鬼案、股市禿鷹案等,2007年2月13日,偵結台北市市長特別費案並將前任市長馬英九等人以貪污罪嫌起訴。2008年2月20日 向台檢方高層申請辭去“特偵組”的工作。2008年3月將歸建“高檢署”任職。
政治立場
馬英九特別費案偵結決定起訴馬英九時,他表示“內心十分掙扎”。
在得知馬英九被起訴後立即辭去國民黨主席並宣布參與2008年“中華民國總統大選”時,侯寬仁表示“樂觀其成”。