民國34年祖煥先後到上海任外科主治醫師，浙江杭州廣濟醫院任外科主任。民國37年8月，他應福州復人醫院院長黃作域之請回榕，到福州柴井醫院任外科主任，後又兼任合組醫院外科主任。翌年8月，應聘到福州塔亭醫院任外科主任，遂定居於倉山對湖。
祖煥初到塔亭醫院時，全院僅有9名醫師，其中3名外科醫師，醫療設備較差。他克服各種困難，先後進行大量手術治療，從普通外科手術發展到泌尿外科、顱腦外科、腦外科。由於他診斷準確，醫術高明，並在手術前做充分準備，在手術過程中認真細緻，因而取得良好療效，深受患者稱道。
中華人民共和國建立初期，福州各綜合醫院尚無骨科。塔亭醫院偶爾也收骨科病員，但附設在外科，病例少，病種單純。為使骨科患者得到就醫，他決心運用自己所學，籌建骨科。他克服人手少、設備簡陋、病床缺等困難，開展骨科手術。由治療小骨折、脫臼開始，逐步發展到較複雜的骨髓炎機瓣填塞、關節成形術、糾形術、半骨盆切除等。到50年代中期，該院的骨科有了雛形，當時骨結核的病員甚多，用傳統的抗癆療法，效果差，費用高。為提高療效，祖煥於1956年到天津市立人民醫院骨科進修，學習國內先進技術和療法。回來後，採用骨結核清除術治療，還開展股骨頸骨折三葉釘治療、胸腰椎骨折鋼板固定術和“柳枝接骨法”，套用於臨床。同年，加入中國共產黨，同時被任命為副院長。他擔任領導職務後，十分重視引進和培養人才。接納醫學院畢業生和有經驗的醫師充實骨科。為提高醫療水平，祖煥勤奮學習，吸取國內外新的醫學成就，同時把自己所學，無私的公諸於眾。他每月兩次主持骨科、外科學習會，親自授課，組織討論，培養年輕醫師。在他的帶動下，醫院呈現濃厚的學術風氣。到60年代初，醫院已具備骨科專業醫師和護理隊伍。他還注意骨科、外科的配套建設，於1960年建立麻醉科，結束該院臨床醫師兼麻醉操作的歷史。
祖煥具有良好的醫德、醫風，他每周大查房一次，事先總是深入病房，查閱病歷，核對體徵，檢查診斷治療是否正確。在大查房時他一一講解，使下級醫師深受教育和啟發。遇到下級醫師有缺點、錯誤，他從不在人前指責呵斥，而是事後個別談心，使對方心悅誠服。他還長期兼任福建醫學院教授，講授《骨科學》，並在《中華醫學雜誌》上發表學術論文。1963年，何祖煥病逝。享年52歲。
