早年經歷
何塞·華金·佩雷斯·馬斯卡亞諾 何塞·華金·佩雷斯·馬斯卡亞諾，1801年5月6日出生於西班牙帝國智利都督轄區聖地亞哥（今智利聖地亞哥）的一個貴族家庭，他的父親聖地亞哥·安東尼奧·佩雷斯·薩拉斯在智利共和國成立後曾擔任眾議員，母親是露絲·馬斯卡亞諾·拉臘因。
佩雷斯早年在聖地亞哥市的聖路易斯學院學習，後前往智利國家學院學習，1814年國家學院關閉後，他前往聖阿古斯丁修道院繼續接受教育，後前往聖費利佩大學攻讀法律。
從政經歷
何塞·華金·佩雷斯·馬斯卡亞諾 佩雷斯1826年5月作為聖費利佩市代表當選為眾議員，當年7月4日正式就職，同年他被智利政府任命為駐美國和墨西哥公使，1827年6月22日結束眾議院任期， 之後他前往美國和墨西哥，就任公使職務，佩雷斯擔任公使期間，在美國首都華盛頓居住了兩年，期間他訪問了美國的多所學校，深受美國三權分立政治體制的影響，換取了美墨兩國對智利獨立的承認，1829年佩雷斯被智利政府任命為駐法國巴黎公使，在法國擔任公使期間，他拜會了流亡法國的南美解放者何塞·弗朗西斯科·德·聖馬丁·馬托拉斯，使法國承認了智利的獨立地位； 1834年返回智利，1836年佩雷斯作為智利政府公使出使阿根廷，促使智利與阿根廷組成聯盟對抗安德烈斯·聖克魯斯領導的秘魯-玻利維亞邦聯，當年他正式出任智利駐阿根廷公使，1840年，佩雷斯完成公使任期，之後返回智利。
何塞·華金·佩雷斯·馬斯卡亞諾 1834年3月，佩雷斯作為聖地亞哥市代表當選為眾議員，6月1日正式就職，他在1837年、1840年、1843年和1846年分別作為伊塔塔市、普查凱市、庫里科市和聖地亞哥市的代表連選連任眾議員職務，1849年3月他再次作為聖地亞哥市代表當選為眾議員，當年6月1日正式就職，1852年6月1日結束眾議員任期。
佩雷斯1840年12月1日~1841年7月5日出任眾議院副議長，1842年8月5日~10月5日短暫擔任眾議院議長一職，1844年9月12日~1846年9月22日擔任曼努埃爾·布爾內斯·普列托政府的財政部長，1848年8月4日~1849年6月4日第二次出任眾議院副議長， 1849年6月12日~1850年4月19日擔任內政與外交部長，1850年8月5日~1851年6月2日第三次出任眾議院副議長；1852年3月，佩雷斯當選為參議員，當年6月1日開始參議員任期， 任期9年，1855年6月6日~1857年8月5日擔任參議院副議長，之後他加入智利在任總統曼努埃爾·蒙特·托雷斯創建的智利民族黨，1861年6月1日離任參議員職務。
總統生涯
當選總統
何塞·華金·佩雷斯·馬斯卡亞諾 1859年，智利內戰結束之後，曼努埃爾·蒙特·托雷斯總統為了安撫自由黨人，指定佩雷斯為總統繼承人，在1861年7月舉行的總統選舉中，佩雷斯作為唯一的候選人被一致推舉為總統，9月18日蒙特總統卸任，佩雷斯正式就職總統一職，1866年以88%的選票（191票）獲得連任。佩雷斯的當選不但標誌著智利開始向自由主義的轉變，而且開始了權力的變更。議會逐漸加強了對總統權力的制約，從而開始了議會時代。
為政舉措
何塞·華金·佩雷斯·馬斯卡亞諾 佩雷斯掌權後，智利開始了自由共和國時期，他的政府實際上是執政的自由黨和保守黨組成的政治聯盟。佩雷斯執政期間，大赦政治犯，有助於國家經過1851年和1859年兩次內戰後的團結，同自由黨人結盟，實行宗教信仰自由政策，1863年在聖地亞哥設立消防局，1868年規定蓬塔阿雷納斯為自由港。同年，改良主義者特別是青年人成立了“改革俱樂部”，來促進國家政治的改革。在這期間，政府通過了新的商業法。佩雷斯政府時期，由於農業、礦業、商業和南方伐木業的發展，國家財政狀況明顯好轉，從首都通往南方及北方的鐵路和公路建設都有了很大進展，加上農村治安力量的加強，形成了交通便利、郵政安全的局面。 智利南方的電報傳送已延伸至納西緬托等地。在國民教育方面，以增設物理、化學、生物等自然課程為中心的改革取得了重要進展。由於經濟發展，物質豐富，智利人口不斷增加。據1865年人口普查，全國有181.9萬多人，其中78%的人口居住在農村，其餘40萬人口生活在城市，聖地亞哥就有17萬。佩雷斯執政末年，在自由黨、激進黨等反對黨要求下，實行了一項政治改革，規定共和國總統在憲法規定的5年任期屆滿後，不得立即再度連任，從而結束了到佩雷斯為止先後四位總統都連任兩屆的歷史。
領土糾紛
何塞·華金·佩雷斯·馬斯卡亞諾 智利在很早以前便對阿塔卡馬地區提出主權要求，1863年，當時屬於玻利維亞領土的太平洋沿岸阿塔卡馬省發現了大量的硝石礦和鳥糞，這個地區開始有了極大的商業重要性，為了解決這個地區的主權問題，智利和玻利維亞進行了談判，1866年，玻利維亞總統馬里亞諾·梅爾加雷霍與智利政府簽訂了邊境條約，劃定南緯24度為兩國邊界線，將阿塔卡馬地區的鳥糞開採權租讓給智利公司。條約規定，凡在南緯23度至25度之間地區發現和開採的物產，為兩國共同所有；這條界限模糊不清，為日後硝石戰爭（南美太平洋戰爭）的爆發埋下了隱患。
抵禦入侵
總統府內的何塞·華金·佩雷斯 1863年4月，一支西班牙艦隊抵達智利瓦爾帕萊索港訪問，訪問期間雙方相處十分融洽，但該艦隊抵達秘魯後，其指揮官以在秘魯的西班牙人受到莊園主不公正待遇為由，試圖干涉秘魯內政，要求秘魯政府按照西班牙的要求解決問題，遭秘魯政府拒絕後，西班牙艦隊占領了秘魯的欽查群島，封鎖了部分太平洋沿岸港口，試圖迫使秘魯就範，西班牙艦隊在秘魯的所作所為在智利國內引起軒然大波，1864年9月27日，西班牙炮艦在智利洛塔港加煤時，佩雷斯總統宣布煤為戰略物資，不得出售給交戰國家，同時暗中派軍隊支援秘魯抵抗西班牙，1865年9月17日，西班牙艦隊到達智利的瓦爾帕萊索港，要求智利鳴響禮炮21響致敬，佩雷斯認為這是西班牙對智利的侮辱，拒絕了其挑釁性要求，同時於9月25日對西班牙宣戰。1866年1月，秘魯與智利結盟，對西班牙宣戰。不久之後，秘魯、智利、厄瓜多和玻利維亞四國簽訂攻守同盟條約，共同抗擊西班牙侵略。欽查群島戰爭爆發，當年3月31日瓦爾帕萊索遭到炮擊，智利隨即進行報復，開始大量生產和進口武器裝備，還使用了新式的潛水艇襲擊了西班牙軍隊。1866年5月2日，西班牙艦隊向秘魯卡亞俄港發動攻擊，但之後卻遭到了幾艘現代化裝備精良的秘魯戰艦的強力反擊，西班牙艦隊傷亡慘重，喪失了戰鬥力，被迫逃離太平洋，返回國內，戰爭結束。這場抗擊西班牙侵略的戰爭最終在四國共同的努力下，取得了勝利。
卸任之後
何塞·華金·佩雷斯·馬斯卡亞諾 1871年9月18日，佩雷斯總統任滿卸任，自由黨人費德里科·埃拉蘇里斯·薩尼亞圖繼任總統，1872年成為國務委員會成員， 1873年3月，佩雷斯再次當選為參議員，當年6月1日正式就任參議員職務，1873年6月2日~1875年6月2日擔任參議院議長，1882年6月1日卸任參議員職務。晚年的佩雷斯精力依舊充沛，積極參加各種社會活動和政治活動，1889年7月1日，佩雷斯在聖地亞哥逝世，享年88歲。
家庭成員
何塞·華金·佩雷斯·馬斯卡亞諾 佩雷斯1840年9月同特蘭西托·弗洛雷斯·科維達（1820年~1890年）結婚，兩人共有11個子女，但只有5個女兒和1個兒子活到成年並有姓名記載，他們分別是：瑪麗亞·赫蘇斯·佩雷斯·弗洛雷斯（女兒，1841年~1892年）、瑪麗亞·德·拉·露絲·佩雷斯·弗洛雷斯（女兒）、弗洛倫希亞·佩雷斯·弗洛雷斯（女兒）、特蕾莎·佩雷斯·弗洛雷斯（女兒）、阿黛拉·赫特魯迪斯·佩雷斯·弗洛雷斯（女兒，1846年出生）和何塞·華金·佩雷斯·弗洛雷斯（兒子）。
