流傳至今的按編年體記事的《伯羅奔尼撒戰爭史》是修昔底德用30餘年的時間編寫的一部未完成之作，記述的事件止於公元前411年。全書共8卷，書名和分卷方法均出自希臘化時代學者之手。色諾芬曾就公元前 411～前403年的歷史編寫過續篇,但不能與修昔底德的著作並論。修昔底德善於借書中歷史人物之口，用自己審時度勢撰寫的演說辭闡述與伯羅奔尼撒戰爭有關的各種問題。敘事與當事人的演說緊密結合為該書一大特色，演說辭約占全書篇幅的1/4。該書不但飽含哲理,而且富有文采，有不少刻劃入微的片段。
修昔底德自稱，伯羅奔尼撒戰爭剛一爆發，他即敏銳地覺察到這一事件的重大意義，開始注意收集一切有關資料。垂訓後世是他修史的目的。他相信存在共通的人性，歷史發展有一定的規律，過去的事可供後人借鑑。他對歷史資料採取嚴格批判的態度，努力辨清真偽。在審核歷史資料的過程中,廣泛採用倒推法,即根據當時社會中留存的遺蹟推斷歷史上實際存在過的情況。他力圖揭示歷史事件之間的因果關係，對神讖和靈祥災異之說持否定態度。這種批判精神使其著作具有材料可靠、思想深刻的特點，從而博得文藝復興以來許多史學家的稱讚
