主要職責
（一）貫徹執行國家、自治區和鄂爾多斯市關於衛生工作的法律、法規和方針政策，並監督實施。
（二）研究提出全旗衛生事業發展規劃、年度計畫，組織實施國家、自治區和鄂爾多斯市技術規範和標準，研究提出我旗區域衛生規劃，統籌規劃與協調全旗衛生資源配置，制訂社區衛生服務發展規劃和服務標準，並組織指導衛生規劃、計畫的實施。
（三）研究制訂全旗農村牧區衛生、婦幼衛生工作規劃和政策措施，指導初級衛生保健規劃和母嬰保健專項技術的實施。
（四）貫徹預防為主方針，開展全民健康教育；制訂對人民民眾健康危害嚴重疾病的防治規劃；組織對重大疾病的綜合防治。
（五）貫徹有關執業標準、醫療質量標準和服務規範並監督
實施。
（六）依法監督管理采供血機構的采供血及臨床用血質量。
（七）對傳染病防治和食品、職業、環境、放射、學校衛生等實施監督管理。貫徹食品、化妝品質量管理規範並負責認證工作。
（八）貫徹中（蒙）西醫並重的方針，推進中（蒙）醫的繼承與創新，實現中（蒙）醫的現代化；指導全旗中（蒙）醫醫療、科研機構業務建設、科研發展和人才培養等工作。
（九）負責履行愛國衛生運動委員會辦公室的行政管理職能職責。
（十）組織調度全市衛生技術力量，對重大意外傷害事件進行緊急救護，對重大突發疫情、病情實施緊急處置，防止和控制疫情、疾病的發生、蔓延。
（十一）會同有關部門，研究擬定重點醫學科技、教育發展規劃，組織旗重點醫療衛生科研攻關，指導醫學科技成果的普及套用工作。
（十二）負責旗直單位保健對象的醫療保健管理工作，按照規定管理旗各部門有關幹部的醫療保健工作。
（十三）承辦旗人民政府和上級主管部門交辦的其他事項。
編制情況
核定旗衛生局機關行政編制為8名（其中：局長1名、副局長3名）。
另核定機關後勤工作人員事業編制2名。
所屬事業單位
1、愛國衛生運動委員會辦公室
2、疾病預防控制中心
3、婦幼保健所
4、人民醫院
5、衛生進修學校
6、衛生局衛生監督所
7、阿鎮衛生院
8、烏蘭木倫衛生院
9、伊金霍洛衛生院
10、納林陶亥衛生院
11、紅慶河衛生院
12、蘇布爾嘎衛生院
13、新街衛生院
14、台格廟衛生院
15、公尼召衛生院
16、布爾台格衛生院
17、布連衛生院
18、納林希里衛生院
19、台吉召衛生院
20、新廟衛生院
21、契約廟衛生院
