伊賀
日本戰國時代(1470年至1571年,也有到1615年的說法)以來就是忍界的王者,與臨近的甲賀並列於頂峰的存在.伊賀位於大和國(國,古代日本地方行政單位,相當於中國現在的省)伊勢國(今奈良縣),伊賀國的交界處.主要侍奉德川政權,在幕府將軍德川家康44年的創業歷程中立下了汗馬功勞.其勢力哪怕在京都都有深遠的影響,因而歷來為統治者所忌憚,1581年,當時天下的霸者織田信長終於展開了對伊賀的大規模清剿,進行了人道滅絕的屠殺,伊賀忍者平民僧侶等死傷三萬人以上,史稱"天正伊賀之亂".這使伊賀在後來的很長時間中元氣大傷.1604年,德川幕府建立,伊賀中作為其背後的組織也達到了鼎盛,不過在德川時代中期,伊賀內部因生存理念不同而發生了分裂和內訌.
代表人物:服部半藏 德川家康的手下,伊賀三名門的服部一族之後,以諜報人員首領的身份活躍在各個戰場,數次在危急關頭拯救主君的性命,作為將領也立有很大的戰功.隨著德川家的壯大逐漸成為伊賀的首領人物.此後,服部一族一直在伊賀處於領導地位
甲賀
伊賀的鄰居,位於伊賀以北不僅遠處的群山中,世代與伊賀並立為最強的忍者眾.早期為京都附近的諸侯,如六角氏,筒井氏,細川氏服務.後期臣服於天下霸者織田信長,在信長事業最輝煌的10年間(1572-1582).依託信長的甲賀迅速發展,並趁伊賀遭到屠殺之際一度有獨霸忍界的趨勢.然而,這種趨勢隨著1582年信長在京都被部下謀殺,織田家四分五裂而停滯.但憑藉這10年的積累,甲賀依然可以在日後德川幕府的時代與"御用忍者"的伊賀分庭抗禮.
代表人物 霧隱才藏 戰國末年甲賀地方的知名忍者.在德川家康取得天下的關鍵戰役關原之戰(1600年)後,投效反抗幕府的名將真田幸村,與伊賀出身的猿飛佐助號稱"雙璧",是後世揚名的"真田十勇士"之一.最終,在1615年的大坂戰役中,參加了真田幸村以八千對抗十萬的決死突擊,幾乎擊斃德川家康,最終力竭,壯烈戰死.
風魔
相摸國(今神奈川縣)的忍者眾,自北條早雲開創基業之後一直侍奉北條一族.歷經早雲,氏綱,氏康,氏政,氏直五代北條家主.是北條氏從一座城的小土豪發展成支配整個東日本的大軍閥的關鍵力量.風魔眾每代家主的稱號都叫做"小太郎"風魔小太郎這個名字會隨著家主的位置以及忍法秘傳書一代代傳下去.1589年,當時統一了大半個日本的豐臣秀吉徵討北條氏,經過一年的圍城戰,北條氏終於被擊敗,遭到滅族,風魔一族在此期間始終不離不棄,與主家共存亡,在城破之日自家主往下幾乎全族殉難.餘下的極少風魔忍者在東部做了盜賊,一直活躍到20年後的德川時代.
代表人物 風魔小太郎 風魔里的每代家主代代傳承的名字,這裡指的是1590年戰死的傳統意義上的最後一代正統家主.從北條氏三代家主氏康開始,為北條氏服務了40餘年的老臣,幫助北條家在東國建立了霸業.此後,眼看著北條氏的君主們一代比一代沒落,依然忠實的執行著作為一個忍者的使命.在1590年的小田原之戰中,率領風魔全族與北條氏一同戰鬥直至滅亡,以生命來詮釋了自己作為忍者的忠義.
戶隱
甲信地區(今山梨縣,群馬縣)北部的忍者村.早期支持北方地區的各個小諸侯.直到1550年左右,甲信地區的不世霸者"甲州之虎"武田晴信崛起,開始支持武田氏的霸業.在此後的20年裡迅速發展.但是武田一族在晴信死後子孫不肖,後繼乏人,終於在1581年亡5於織田信長.戶隱轉而支持武田氏舊部有"鬼之一族"之稱的真田家,也就是後來的松代一族.從此世代為真田氏服務.
代表人物 出浦盛親 戶隱眾在戰國末年的家主,真田家族的部將,在北條氏討伐以及真田家對抗德川幕府的戰鬥中立有巨大戰功.天下統一後隨著真田氏的一枝為德川幕府服務,世代臣從於真田家族.
萬天
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