在這種情況下，赫德以犧牲中國的權益為代價，向英方妥協，商定由中國政府在中港邊界設立一個由總稅務司署管轄的海關，專司稽查鴉片稅厘和查緝走私事宜。因當時九龍半島新界部分尚未被英國侵占，故該關定名為“九龍關”。
九龍關從建立之日起，其管理權就一直由外國人控制，62年間，九龍關任命了66任稅務司和代理稅務司，全部為英國人；其他重要職務（幫辦、監察長等），也絕大多數由洋員包攬，忠實地為帝國主義利益服務。
1949年10月，人民政權在深圳成立九龍關接管委員會，接管了九龍關設於邊境的所有關卡和緝私總部。在中共地下組織的策動下，九龍關總關同時在香港宣布起義。隨後，總關機構陸續撤回深圳，仍稱“九龍關”。1950年1月，海關總署決定將“九龍關”更名為中華人民共和國九龍海關。保留“九龍”這個關名的意義，在於顯示中國人民維護國家主權和領土完整的決心。
人民政權接管九龍關後，即對海關機構和制度進行根本性的改革，廢除為帝國主義利益服務的法規，改造成為為人民服務的海關。九龍關從此結束了60多年一直由帝國主義把持的歷史。當時的國家主席劉少奇高興地說：“我們已把中國大門的鑰匙放在自己的袋子裡，而不是如過去一樣放在帝國主義及其走狗的袋子裡。”
直到1997年香港回歸祖國懷抱，九龍海關才更名為中華人民共和國深圳海關。
