歷史沿革
深圳海關中華人民共和國深圳海關前身為“九龍關”，1887年4月在香港成立。
1949年10月，人民政府接管了九龍關並將其總部機構由香港撤回深圳。
1950年1月，根據海關總署的決定，“九龍關”更名為“中華人民共和國九龍海關”，保留“九龍”這個關名，其意義在於顯示中國人民維護國家主權和領土完整的決心。
1997年7月1日，香港回歸祖國，本著“一國兩制”的原則，根據國務院的決定，“九龍海關”更名為“深圳海關”，江澤民總書記親筆題寫了“中華人民共和國深圳海關”的新關名。
2018年11月，深圳海關旅檢業務占全國55％，加工貿易監管占全國1/5,快件監管業務占全國1/3，稅收征管約占全國9%,運輸工具監管約占全國70％。
行政機構
深圳海關全關共有幹部員工5800餘人，設有48個處級以上機構，其中內設機構21個，隸屬機構18個，派駐機構5個，其他機構4個。海、陸、空監管業務齊全。
十三屆全國人大一次會議審議通過的《國務院機構改革方案》明確“原國家質量監督檢驗檢疫總局的出入境檢驗檢疫管理職責和隊伍劃入海關總署”，轉隸組建正式完成。
主要職能
依法對經深圳口岸進出境的貨物、運輸工具、行李郵遞物品等進行監管；徵收關稅和其它法定由海關徵收的稅費；查緝走私；開展貿易統計並辦理其他海關業務。
機構服務
主要措施
深圳海關減輕壓力
加工貿易行業的台賬保證金、風險擔保金一定程度上加大了企業資金周轉的壓力。為此，深圳海關在綜合評估企業的類別、資信、守法狀況的基礎上，大幅度縮小徵收風險擔保金的範圍，
對高信用企業或已實行台賬保證金實轉、且未涉嫌走私違規的企業一律免予收取風險擔保金。同時，深圳海關擴大了風險擔保形式，允許企業採取符合海關法規的非現金形式的擔保，包括銀行保函、資產質押等。另外，海關總署和商務部於11月底聯合下發了97號公告，對台賬保證金也做出了調整。據初步測算，深圳海關僅減免台賬保證金和風險擔保金一項，將可以減少企業資金占壓近25億元。
簡化手續
深圳海關外發加工是生產企業降低成本的有效而普遍的做法，在當前形勢下尤為突出，但以前審批條件較為嚴格、手續較為繁瑣。為此，深圳海關進一步簡化了審批手續、規範了審批標準。實施“提前申報、一次審批、分批報備”的辦法，企業可在向海關備案時提前申報契約涉及的所有外發加工業務，經海關審核同意後，企業可通過填寫紙質登記表或者通過外發加工管理系統在事後規定時間內報備外發加工實際收發貨情況。企業可以開展部分工序或全部工序外發加工，對企業申請在關區範圍內開展全工序外發加工的，只要資料真實、齊全、有效，一律同意辦理；對企業在關區外開展全工序外發加工的，區別企業管理類別收取風險擔保。
（2） 簡化內銷作業程式，實現先銷後稅、集中申報
擴大內需是中國應對金融危機的重要措施之一。因此，當企業因國際市場萎縮等原因無法正常履行外銷契約時，深圳海關大幅簡化加工貿易成品、半成品以及邊角余料的內銷手續，主動幫助企業開拓中國市場。海關減少內銷申請單證、加快內銷審批速度，一律實現計算機自動審單；邊角料內銷不再需多個環節審批，做到了“一個視窗、一次受理、限時辦結”。對符合條件的高信用企業，海關還實行了“先銷後稅、集中申報”模式，企業可以先內銷，事後再集中辦理申報和繳稅手續。海關還及時調研、掌握和更新內銷商品的最新價格資料，努力避免國際市場價格波動而海關估價資料滯後給企業帶來的影響。
三項改革
深圳海關在位於深圳中心區的深圳海關科技信息綜合樓業務大廳建立了接單中心，提供跨口岸、一站式通關服務，企業可以集中辦理皇崗、文錦渡、沙頭角、深圳灣、蛇口、大鵬等一線口岸的報關手續，避免了企業反覆奔波，節省其人力和運作成本。同時，深圳海關還進一步改革通關作業模式，大力推行無紙化誠信通關和網上支付，企業可通過電子口岸方式全天候聯網辦理報關手續或稅費擔保，海關予以放行貨物，企業事後再集中遞交報關單證並支付稅款，不僅大大方便企業，也會降低通關成本。
（2）推進保稅監管改革，促進保稅物流發展
深圳海關全力支持深圳海港和空港的新一輪規劃建設，促進提升深圳現代物流競爭力，配合推進鹽田港東港區、大鏟灣港區建設和前海灣保稅港區籌備，做好機場片區保稅物流的研究規劃，積極研究解決UPS亞太轉運中心關務需求，吸引國際知名的第三方物流龍頭企業設立區域總部。積極配合鹽田港網路化港區建設，以現代信息和網路技術整合業務模式，實現不同監管區域與鹽田碼頭之間的快速通關。推進特殊監管區域的功能整合，簡化保稅倉儲貨物進出境、進出倉的報關手續，實現“一次申報、一次審單、一次查驗”、7×24小時運作的目標。支持和促進特殊監管區域研發、檢測、維修業務的發展，探索利用保稅物流監管載體解決出口產品售後維修服務難題，促進加工貿易產業鏈和價值鏈的延伸。
（3） 推進區域通關改革，最佳化區域通關環境
為了提高區域間物流進出境效率、降低物流成本，推行“屬地申報，口岸驗放”，企業可以自主選擇向其屬地海關申報納稅而直接在口岸驗放貨物和進出境，無需辦理轉關手續，企業可靈活安排運輸時間和運輸路線。深圳海關靈活運用現有區域通關改革項目“軟資源”及具有接駁功能的海關監管場所“硬資源”，將粵港跨境快速通關與跨關區“屬地申報、口岸驗放”通關模式組合運行，企業在屬地海關辦理跨關區“屬地申報、口岸驗放”報關手續時，以中途接駁地海關作為報關口岸，在接駁地海關與公路口岸之間使用跨境快速通關模式實行快速通關驗放。繼續深化深港海關通關業務合作，鞏固公路口岸查驗貨物施加綠色關鎖工作成果，在鹽田、蛇口等海運口岸開展兩地海關查驗結果參考互認合作工作，使企業免於重複查驗。
四個提速
提高加工貿易、口岸查驗、企業分類、案件辦理的速度和效率
（1）提高加工貿易業務審核效率，縮短審核時限
進一步簡化加工貿易單證審核業務環節，切實兌現對外承諾，業務審核工作時限一律不超過3個工作日，其中報關憑證資料庫審核時限縮短到2個工作日、部分業務還實現了即到即辦。保稅設備和料件的承接在一般情況下海關審核時間不超過5個工作日。
（2）提高公路口岸查驗效率，簡化查驗處置程式
為解決公路口岸查驗車輛在口岸滯留時間較長等問題，海關簡化口岸查驗處置程式，一般均可在當天（或當班次）完成查驗；查驗後發現車載貨物中僅有部分存在違法嫌疑的，對與違法嫌疑無關的其他貨物或者車輛，海關儘快按規定辦理通關放行手續。
（3）提高后續管理工作水平，縮短企業分類審批時間
改革企業分類按月集中報批制度，即時審核上報企業分類申請，縮短AA類、A類企業審批時間，企業獲得AA類資格時間最多縮短55天、A類資格時間最多縮短40天。同時，深圳海關按照守法便利原則，及時落實AA類、A類企業的提前申報、預約報關、門到門服務、適用較低查驗率、優先辦理貨物申報和驗放手續、優先辦理企業註冊登記換證及報關員註冊登記手續等通關便利措施。
（4）提高案件辦理速度，簡易從快處理一般性違規
企業因工作失誤或技術性差錯而違反海關監管規定的情況不可避免，涉案企業希望海關加快案件辦理速度、減輕處罰。深圳海關按照“寬嚴相濟、理性執法”的要求，加大對案件性質的甄別力度，有效區分過失和故意、輕微和惡劣等具體情形，加快案件辦理速度，對程式性、技術性等違法情節輕微、危害後果不大的簡單即決案件，平均在3個工作日內辦結。後續管理案件辦理速度力爭在原有基礎上加快20%。對於依法適用簡單案件處理程式的案件，在進行現場調查後，可以直接制發行政處罰告知單，當場由當事人或者其代理人簽收。對於企業生產經營過程中產生的僅涉及擅自外發加工或擅自搬遷違法行為，海關監管貨物未脫離監管或者能夠恢復監管的，案值500萬元以上、1000萬元以下的，不再報緝私局審批，由查發單位按照簡易程式從快處理。
現任領導
陳小穎：深圳海關關長、黨組書記（正廳局級）
趙振拴：深圳海關黨組副書記、副關長（正廳局級）
李立源：深圳海關副關長、黨組成員（副廳局級）
羅銀波：深圳海關副關長、黨組成員（副廳局級）
王晶洗：深圳海關副關長兼政治部主任、黨組成員（副廳局級）
許文榮：深圳海關副關長兼緝私局局長、黨組成員（副廳局級）
栗晉斌：深圳海關黨組成員、黨組紀檢組組長（副廳局級）
王味冰：深圳海關黨組成員、皇崗海關關長、黨組書記（副廳局級）
趙新柳：深圳海關副關長、黨組成員（副廳局級）
程開宇：深圳海關副關長、黨組成員（副廳局級）
譚華：深圳海關副關長、黨組成員（副廳局級）
夏新生：深圳海關副關長、黨組成員（副廳局級）
破獲案件
2008年12月24日對外公布，海關緝私部門搗毀了一個走私保稅木料的團伙，抓獲周某旺等9名犯罪嫌疑人，該團伙共走私木料2．3億元，偷逃稅額達4003萬元。
深圳海關鑑定查實一宗300餘萬元走私鑽石案2008年4月27日，海關緝私警察在東莞市將正在裝卸走私木料的團伙頭目周某旺及其主要成員一網打盡，現場查扣了價值1000多萬元的進口保稅木料。據初步審查，周某旺（香港人）在深圳龍崗區投資設立的龍某家具公司，近6年時間走私木料達2．3億元，偷逃稅額4003萬元。
2018年11月22日，該關所屬羅湖海關近日鑑定查實一宗為賺取“帶工費”涉嫌走私價值300餘萬元鑽石入境的案件。
經廣東省金銀珠寶檢測中心鑑定，本次查獲的物品為鑽石和坦桑石，其中大顆鑽石28粒、重27.9克拉，小鑽石2088粒、重223.2克拉，碎鑽675.3克拉，坦桑石11粒、重19.2克拉，上述物品總價值約306萬元。
