九條家出自藤原北家御堂流，該系自藤原道長開始以外戚身份壟斷攝政關白之職。後三條天皇之母禎子內親王是藤原道長的外孫女、中宮妍子的女兒，因此後三條帝不以藤原氏為外戚，並著手削減藤原氏家領。白河天皇院政時期，政令皆出法皇，攝關被架空。鳥羽天皇院政時，為借藤原攝關家的勢力，迎娶高陽院泰子為皇后，藤原氏勢力有所恢復。保元之亂中，藤原忠通支持後白河天皇得勝後，在後白河院時期出任藤氏長者和攝關。
地方武士勢力本來在天皇和攝關的權力之爭中扮演次要角色，經過賓士、保元兩次動亂後，武士成為堪與朝廷對抗的主要政治力量。保元之亂中以平清盛為首的平氏武士集團成為主導朝廷的主要力量，並仿效藤原氏將女兒送入中宮，成為天皇祖父。後白河院不滿平氏專政，挑動源氏與平氏鬥爭。源氏在壇浦之戰中消滅平氏，並受封征夷大將軍，於鎌倉開府。 忠通之後，其子 藤原基實成為攝關。由於基實早死，其弟基房成為攝關，二人分別是攝家近衛家和松殿家（南北朝時絕嗣）始祖。鎌倉幕府建立後，由於近衛家與松殿家都與平氏和朝廷有親緣關係，忠通七子 藤原兼實成為攝關，並在源賴朝建議下分家，以其邸：位於平安京九條大街的九條殿為家名，開創了攝關家 九條流。
九條家與近衛家、松殿家同為 攝關三家。九條兼實攝關時，由於近衛家和松殿家衰落，九條家繼承兼實異母姐聖子（崇德天皇中宮）的皇嘉門院領，實力雄厚；西園寺家和九條家因為與源賴朝同母妹坊門姬的後代結姻而在鎌倉初代獲取了相當的政治影響力。松殿家在南北朝斷絕，剩下兩家地位不相上下。九條家家傳兩代，九條道家長男 九條教實繼承九條家，次男良實另立二條家，三男賴經出任鎌倉幕府將軍，四男實經建立一條家，除賴經外三人都曾出任關白、藤氏長者，道家長女鱒子成為後堀河天皇中宮，並生下四條天皇。九條家一時風光無二。
