同年8月27日，蔣介石在重慶召開西南軍政會議，各省軍政首腦都到了重慶，唯獨盧漢沒到，蔣介石感到局勢的嚴重，決心解決雲南問題，派出了第八軍軍長李彌到雲南暗中布置，企圖控制雲南局勢。國民政府的代總統李宗仁也提出以武力改組雲南省政府，下令桂系部隊入滇。
但是，蔣介石認識到，要在西南作最後的掙扎，必須要和盧漢合作，因此對盧漢要盡力的安撫。8月29日，西南軍政長官公署軍政長官張群打電話給盧漢催促他到重慶出席會議，並揚言“中央”將派兩個軍、60架飛機解決雲南問題。如果盧漢不到會，後果不堪構想。
在這樣的情況下，盧漢連日召集左右人員研究對策，到底去還是不去。1949年9月初，盧漢接到報告，稱“中央”的兩個軍已經向昆明移動，蔣介石武力解決雲南問題的計畫已經付諸行動。重壓之下，盧漢決定去重慶。
臨走前，盧漢在自己位於翠湖邊的盧公館緊急召開會議，對當時自己的親信九十三軍軍長龍澤匯、民政廳廳長安恩溥交代：“我這次去重慶，吉凶難卜，萬一被扣，你們就打電報要求。要求不準，就插起紅旗，通電起義，不要管我。”並約定每日通電報一次，電尾用“盧漢”名字，就是安全；若用“永衡”（盧漢字），則是被扣或發生重大危險。
9月6日，盧漢飛往重慶。出乎意料的是，盧漢在重慶受到了蔣介石超乎尋常的熱情接待。蔣介石希望繼續籠絡和抓住盧漢，盧漢也看出了這一點，於是在商談中便提出眾多要求，否則就將辭職。蔣堅持不讓盧漢辭職，經過討價還價後，撥了兩個軍的裝備和100萬銀元給盧漢，並授權盧漢“全權處理”雲南問題。作為相互交換的條件，蔣要求盧漢回雲南後立即取消已經有了民主傾向的雲南省參議會，並要求盧漢逮捕100多名進步人士（附有名單），封閉進步報館，在雲南成立所謂的“剿匪指揮部”等。
1949年9月8日，盧漢返回昆明，當時的西南軍政處長官公署副長官蕭毅肅及軍統特務頭子徐遠舉等人也和盧漢同時到昆，以“配合”盧漢在雲南搞整肅。9月9日晚10時，徐遠舉和沈醉率領100多名特務傾巢出動，開始了全市範圍的突然大搜捕。特務們在武裝憲兵的配合下，手持搜查令、逮捕令，按照事先制訂好的緝查地址和名單，到處抓人。一夜之間，400多名中共地下黨員、進步師生、民主人士全都落入了特務的魔掌。
抓捕之後，特務頭目們又馬上成立了由毛人鳳負責的“昆明整肅指揮部”，指揮部下設了行動、審訊、總務等組。並強行解散了雲南省參議會，查封了《正義報》、《觀察報》等報刊。
這就是轟動一時的“九九整肅”。
“九九整肅”後，雲南保全團隊擴編為兩個軍，余建勛任七十四軍軍長，龍澤匯任九十三軍軍長。保三旅編為二七七師，師長張中漢，副師長安永松，李聯翰原職未動，我調為二等軍需征糧副科長。
“九九整肅”時期，公開和潛伏的軍統橫行昆明，白色恐怖籠罩了全市。師長張中漢趁此機會，命令副官主任向忠親率領精幹連排級幹部三十人，巧為化裝，監視軍統“滇站”來往人員及沉醉的動靜行止。這件事全師知道的人不多。
